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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002958

染色体: Chr05 坐标: 35773977-35774744 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002958
名称SmilChr05G002958
描述uncharacterized SmilChr05G002958
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向35773977 - 35774744 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130987018
GeneID130987018
locus_tag-
NCBI NameLOC130987018
原始查询SmilChr05G002958

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007796]; symbol=AT1G53163; hit=AT1G53163; species=arabidopsis; confidence=low
产物membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007796]; symbol=AT1G53163; hit=AT1G53163; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisAT1G53163 (AT1G53163)
membrane-associated kinase regulator [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:5007796]
identity=41; qcov=0.431; evalue=2.77e-06; confidence=low
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130987018

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057766561.1
2 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057766561.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057766561.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766561.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766561.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:35774282 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,B23,B44,B66
Chr5:35774417 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B117,B33,B46,C75,C9
Chr5:35774438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B9,C5
Chr5:35774495 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A23,B49,B65,C6
Chr5:35774566 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B136,C33
Chr5:35774641 ACT A 2bp_deletion frameshift_variant 8 B119,B133,B15,B24,B84,C41,C77,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910578.1
CACATCATACTCACAAAATTTCATGCAGATGAATAGCCGAACAAAACGCAGCTCGTCCGGCGACAAGTTCTCGTTCCCGGTCATAAACCAGGATTCCGACGAGTTCGAATTTACGTCCCCGAATTCCCCTGCCGATCGCTTCTTCTCCAACGGCAAGCTCCTGCCGCATGCCTTCCCTGTCCAAACGCACAACAGCTTCTCCTACTCGCGGTCGACCAGCATCGGCAGCAAGGATTCGTTGATGTCGTCGCGAAGCAACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130987018
ATGCAGATGAATAGCCGAACAAAACGCAGCTCGTCCGGCGACAAGTTCTCGTTCCCGGTCATAAACCAGGATTCCGACGAGTTCGAATTTACGTCCCCGAATTCCCCTGCCGATCGCTTCTTCTCCAACGGCAAGCTCCTGCCGCATGCCTTCCCTGTCCAAACGCACAACAGCTTCTCCTACTCGCGGTCGACCAGCATCGGCAGCAAGGATTCGTTGATGTCGTCGCGAAGCAACAGCAGGAGCAGCACCAGCACCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766561.1
MQMNSRTKRSSSGDKFSFPVINQDSDEFEFTSPNSPADRFFSNGKLLPHAFPVQTHNSFSYSRSTSIGSKDSLMSSRSNSRSSTSTSARTSTSEASERRRERSVRPAAMSCQCQSRRWQLIAAAPVLKHHGSRSTRTETAVDRKASRGADGGCHKGSKSWFKSNFLKSFVSACQECHAIKT

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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