当前解析结果
SmilChr05G002969| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002969 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002969 |
| 描述 | pyrophosphate-energized membrane proton pump 2 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 36069084 - 36078084 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130987025 |
|---|---|
| GeneID | 130987025 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130987025 |
| 原始查询 | SmilChr05G002969 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | pyrophosphate-energized membrane proton pump 2 |
| 产物 | pyrophosphate-energized membrane proton pump 2 |
| Arabidopsis | AT1G78920 (VP2)vacuolar H+-pyrophosphatase 2 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:844231] identity=87.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0537900- identity=86.4; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0004427 (inorganic diphosphate phosphatase activity); GO:0009678 (diphosphate hydrolysis-driven proton transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:1902600 (proton transmembrane transport) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF03030 (H_PPase) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130987025 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.60000 | XP_057766568.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.40000 | XP_057766568.1 |
| 3 | Vacuole | 液泡 | 0.40000 | XP_057766568.1 |
| 4 | Vacuole membrane | 液泡膜 | 0.40000 | XP_057766568.1 |
| 5 | Mitochondrion membrane | 线粒体膜 | 0.20000 | XP_057766568.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:36070796 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr5:36072483 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B15 |
Chr5:36075051 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B69,B9,C5 |
Chr5:36075065 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B20,B93,C51 |
Chr5:36075085 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B111 |
Chr5:36075107 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C23 |
Chr5:36075473 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B20,B48,B98,C61,C80 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766568.1PF03030
H_PPase 74-795 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766568.1 |
Pfam | PF03030 |
H_PPase | Family | 74 | 795 | 3.4e-255 | 849.4 | Inorganic H+ pyrophosphatase |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。