Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002990`

染色体: Chr05 坐标: 36614653-36615787 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002990`
名称	SmilChr05G002990
描述	uncharacterized SmilChr05G002990
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	36614653 - 36615787 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025864`
GeneID	`131025864`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025864`
原始查询	`SmilChr05G002990`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333]; symbol=AT5G33406; hit=AT5G33406; species=arabidopsis; confidence=high
产物	hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333]; symbol=AT5G33406; hit=AT5G33406; species=arabidopsis; confidence=high
Arabidopsis	`AT5G33406` (AT5G33406) hAT dimerization domain-containing protein / transposase-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833333] identity=62.7; qcov=0.865; evalue=9.18e-124; confidence=high
Rice	`Os09g0499600` - identity=40.1; qcov=0.774; evalue=1.2e-53; confidence=medium
GO	GO:0046983 (protein dimerization activity)
KEGG	-
Pfam	PF05699 (Dimer_Tnp_hAT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025864

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811634.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811634.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811634.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811634.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811634.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:36614678`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B29
`Chr5:36614699`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,B98
`Chr5:36614822`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr5:36614842`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A9,B103,C57
`Chr5:36614895`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B69,B9,C5
`Chr5:36614963`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	47	A13,A25,B105,B11,B12,B15,B16,B20,B27,B29,B3,B30,B34,B44,B47,B49,B50,B6,B62,B64,B68,B69,B71,B78,B85,B93,B94,C10,C2,C23,C27,C39,C45,C46,C48,C51,C53,C56,C58,C63,C65,C67,C71,C74,C81,C85,D1
`Chr5:36614965`	`GCC`	`G`	2bp_deletion	frameshift_variant	47	A13,A25,B105,B11,B12,B15,B16,B20,B27,B29,B3,B30,B34,B44,B47,B49,B50,B6,B62,B64,B68,B69,B71,B78,B85,B93,B94,C10,C2,C23,C27,C39,C45,C46,C48,C51,C53,C56,C58,C63,C65,C67,C71,C74,C81,C85,D1
`Chr5:36614992`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B27
`Chr5:36615003`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B138
`Chr5:36615021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B20,B98
`Chr5:36615137`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B127,D11,D2
`Chr5:36615146`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A2,C60,C62,C82,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811634.1

319 aa

160

319

Dimer_Tnp_hAT

PF05699 Dimer_Tnp_hAT 129-190 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811634.1`	Pfam	`PF05699`	Dimer_Tnp_hAT	Domain	129	190	2.2e-10	40.9	hAT family C-terminal dimerisation region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955651.1
ATGGTTGATGGGGATAAAAAATCGGCTATGGGATACATTTATGAAGCTATGGATAGAGCAAAGAAGGTTATTGCTAAGAGTTTTGGTCACAAGGAGGAGCATTACAAAGAAGCTTTTGGGATAATTGATAAAAGATGGGATTGCCAACTTCATCGCCCTTTACATGCGGCCGGATACTTTCTAAATCCGGAAATCTATCATGATAATCCGGAGGGAGTGAGTTGTCAAGAAATTGAGAATGGCTTGTATGAAAGCATTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025864
ATGGTTGATGGGGATAAAAAATCGGCTATGGGATACATTTATGAAGCTATGGATAGAGCAAAGAAGGTTATTGCTAAGAGTTTTGGTCACAAGGAGGAGCATTACAAAGAAGCTTTTGGGATAATTGATAAAAGATGGGATTGCCAACTTCATCGCCCTTTACATGCGGCCGGATACTTTCTAAATCCGGAAATCTATCATGATAATCCGGAGGGAGTGAGTTGTCAAGAAATTGAGAATGGCTTGTATGAAAGCATTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811634.1
MVDGDKKSAMGYIYEAMDRAKKVIAKSFGHKEEHYKEAFGIIDKRWDCQLHRPLHAAGYFLNPEIYHDNPEGVSCQEIENGLYESIQRLVQDDSTQDKIMAELDAYKNATGLFGNAMAIRHRKMKSRADWWSCYGSSSPNLKSFAIKVLSLTCSATGCERNWNVFEHLHTKKRNRLAQDRLNHLVYVKYNRTLERRYKRKDTIDPILLEEIDDSNEWLLGYMDGDSSNEDSDLVFEDDNLTWSAVSKASRANDPIYSTRH...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器