当前解析结果
SmilChr05G003001| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003001 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003001 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003001 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 37131294 - 37131878 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025868 |
|---|---|
| GeneID | 131025868 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025868 |
| 原始查询 | SmilChr05G003001 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os03g0158600; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os03g0158600; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | AT2G04420 (AT2G04420)Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814982] identity=31.3; qcov=0.691; evalue=1.62e-07; confidence=low |
| Rice | Os03g0158600- identity=31.8; qcov=0.68; evalue=1.36e-07; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF13456 (RVT_3) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025868 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057811636.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057811636.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057811636.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811636.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811636.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:37131312 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A18,B106,B140,B30 |
Chr5:37131350 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B106,B120,B84,C42,C85 |
Chr5:37131361 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,B44,B63,B83 |
Chr5:37131372 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B3,B44,B63,B83 |
Chr5:37131393 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A21,B108,B66,C36 |
Chr5:37131406 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 34 | A1,A13,A15,A19,A23,A25,A3,B102,B103,B119,B136,B138,B139,B14,B27,B28,B34,B51,B6,B83,B86,C17,C23,C28,C29,C3,C31,C44,C56,C63,C67,C7,C70,C82 |
Chr5:37131421 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B121,C4,D10 |
Chr5:37131423 |
GA |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 170 | A10,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A24,A25,A4,A5,A7,A8,A9,B10,B105,B107,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B15,B17,B18,B19,B21,B25,B28,B29,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B38,B39,B40,B41,B45,B46,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B61,B62,B66,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B95,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C18,C19,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C33,C34,C35,C38,C39,C40,C41,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C59,C6,C64,C65,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C78,C79,C8,C84,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D7,D9 |
Chr5:37131426 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B65,D6 |
Chr5:37131427 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A21,B129,B65,B66,D6 |
Chr5:37131444 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B106,B129,B65,D6 |
Chr5:37131445 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B123,B126,B33,B34,B99 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811636.1PF13456
RVT_3 42-161 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811636.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 42 | 161 | 2.8e-17 | 63.5 | Reverse transcriptase-like |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。