当前解析结果
SmilChr05G003004| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003004 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003004 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003004 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 37234068 - 37235255 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025869 |
|---|---|
| GeneID | 131025869 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025869 |
| 原始查询 | SmilChr05G003004 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high |
| 产物 | hit=Os01g0872900; species=rice; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G13770 (AT2G13770)nuclease [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:815861] identity=51.9; qcov=0.327; evalue=6.57e-34; confidence=low |
| Rice | Os01g0872900- identity=54.7; qcov=0.764; evalue=5.83e-90; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04827 (Plant_tran) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025869 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811638.1 |
| 2 | Chromosome | 染色体 | 0.40000 | XP_057811638.1 |
| 3 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811638.1 |
| 4 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811638.1 |
| 5 | Telomere | 端粒 | 0.00000 | XP_057811638.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:37234106 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D2 |
Chr5:37234173 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr5:37234186 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B69,B9,C5 |
Chr5:37234235 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B108 |
Chr5:37234238 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 191 | A1,A10,A14,A15,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B100,B104,B105,B107,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B115,B117,B118,B119,B12,B122,B123,B124,B126,B127,B128,B129,B130,B131,B132,B133,B134,B135,B136,B137,B138,B139,B15,B17,B18,B19,B21,B23,B24,B25,B28,B29,B32,B33,B34,B35,B36,B37,B39,B40,B41,B45,B46,B49,B5,B50,B51,B52,B53,B55,B56,B57,B58,B59,B60,B62,B65,B66,B67,B7,B70,B71,B72,B73,B74,B75,B76,B77,B78,B79,B80,B81,B82,B83,B84,B86,B87,B88,B89,B9,B90,B92,B93,B95,B96,B99,C1,C10,C11,C12,C14,C15,C16,C17,C18,C2,C22,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C38,C39,C40,C41,C43,C44,C45,C47,C48,C49,C5,C51,C52,C53,C54,C55,C57,C58,C59,C6,C64,C65,C66,C67,C68,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C76,C77,C78,C79,C8,C80,C84,C86,C87,C9,D1,D11,D2,D3,D5,D7,D9 |
Chr5:37234272 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr5:37234489 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B23 |
Chr5:37234493 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B27,C35 |
Chr5:37234569 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B18,B25 |
Chr5:37234569 |
A |
AT |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B18,B25 |
Chr5:37234576 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B132,B17,B7,C11,C32,C68,C69 |
Chr5:37234657 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B102,B75,D6 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811638.1PF04827
Plant_tran 111-298 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811638.1 |
Pfam | PF04827 |
Plant_tran | Family | 111 | 298 | 1.3e-81 | 273.8 | Plant transposon protein |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。