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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003005

染色体: Chr05 坐标: 37235812-37246644 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003005
名称SmilChr05G003005
描述DNA mismatch repair protein MSH5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向37235812 - 37246644 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024297
GeneID131024297
locus_tag-
NCBI NameLOC131024297
原始查询SmilChr05G003005

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述DNA mismatch repair protein MSH5
产物DNA mismatch repair protein MSH5
ArabidopsisAT3G20475 (MSH5)
MUTS-homologue 5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821593]
identity=65.1; qcov=0.892; evalue=0; confidence=high
RiceOs05g0498300 (OsMSH5)
-
identity=64.8; qcov=0.848; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0006298 (mismatch repair); GO:0030983 (mismatched DNA binding); GO:0051026 (chiasma assembly); GO:0140664 (ATP-dependent DNA damage sensor activity)
KEGG-
PfamPF00488 (MutS_V); PF05192 (MutS_III); PF27035 (MutS5_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024297

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809792.1
2 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057809792.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057809797.1
4 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057809792.1
5 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057809797.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:37236948 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:37239164 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,B27,D11
Chr5:37239652 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C41
Chr5:37240111 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B99
Chr5:37242809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:37243899 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B103,C12,C57
Chr5:37244328 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A8
Chr5:37244328 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 A8
Chr5:37245029 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B56,B96

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809792.1
806 aa
N
1
403
806
MutS5_N
MutS_III
MutS_V
C
PF27035 MutS5_N 8-114 aa PF05192 MutS_III 189-515 aa PF00488 MutS_V 566-759 aa
XP_057809793.1
806 aa
N
1
403
806
MutS5_N
MutS_III
MutS_V
C
PF27035 MutS5_N 8-114 aa PF05192 MutS_III 189-515 aa PF00488 MutS_V 566-759 aa
XP_057809794.1
804 aa
N
1
402
804
MutS5_N
MutS_III
MutS_V
C
PF27035 MutS5_N 8-114 aa PF05192 MutS_III 189-515 aa PF00488 MutS_V 566-759 aa
XP_057809795.1
787 aa
N
1
394
787
MutS5_N
MutS_III
MutS_V
C
PF27035 MutS5_N 8-114 aa PF05192 MutS_III 189-496 aa PF00488 MutS_V 547-740 aa
XP_057809796.1
782 aa
N
1
391
782
MutS5_N
MutS_III
MutS_V
C
PF27035 MutS5_N 8-114 aa PF05192 MutS_III 189-515 aa PF00488 MutS_V 566-759 aa
XP_057809797.1
711 aa
N
1
356
711
MutS5_N
MutS_III
MutS_V
C
PF27035 MutS5_N 8-115 aa PF05192 MutS_III 126-420 aa PF00488 MutS_V 471-664 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809792.1 Pfam PF27035 MutS5_N Domain 8 114 1.3e-11 45.2 MutS5 N-terminal domain
XP_057809792.1 Pfam PF05192 MutS_III Domain 189 515 1.3e-31 111.2 MutS domain III
XP_057809792.1 Pfam PF00488 MutS_V Domain 566 759 2.2e-45 155.7 MutS domain V
XP_057809793.1 Pfam PF27035 MutS5_N Domain 8 114 1.3e-11 45.2 MutS5 N-terminal domain
XP_057809793.1 Pfam PF05192 MutS_III Domain 189 515 1.3e-31 111.2 MutS domain III
XP_057809793.1 Pfam PF00488 MutS_V Domain 566 759 2.2e-45 155.7 MutS domain V
XP_057809794.1 Pfam PF27035 MutS5_N Domain 8 114 1.3e-11 45.2 MutS5 N-terminal domain
XP_057809794.1 Pfam PF05192 MutS_III Domain 189 515 1.3e-31 111.2 MutS domain III
XP_057809794.1 Pfam PF00488 MutS_V Domain 566 759 2.2e-45 155.7 MutS domain V
XP_057809795.1 Pfam PF27035 MutS5_N Domain 8 114 1.1e-11 45.4 MutS5 N-terminal domain
XP_057809795.1 Pfam PF05192 MutS_III Domain 189 496 4.2e-30 106.2 MutS domain III
XP_057809795.1 Pfam PF00488 MutS_V Domain 547 740 2.3e-45 155.6 MutS domain V
XP_057809796.1 Pfam PF27035 MutS5_N Domain 8 114 2.5e-12 47.6 MutS5 N-terminal domain
XP_057809796.1 Pfam PF05192 MutS_III Domain 189 515 1.3e-31 111.1 MutS domain III
XP_057809796.1 Pfam PF00488 MutS_V Domain 566 759 2.1e-45 155.8 MutS domain V
XP_057809797.1 Pfam PF27035 MutS5_N Domain 8 115 2.8e-09 37.6 MutS5 N-terminal domain
XP_057809797.1 Pfam PF05192 MutS_III Domain 126 420 2.4e-26 94.0 MutS domain III
XP_057809797.1 Pfam PF00488 MutS_V Domain 471 664 1.8e-45 156.0 MutS domain V

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

6 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953809.1
GCCTAATCAAGGCTATCAAACACAGCCCAAGACAGCCAGTCTGCTGTTATTCGCGCCAGCTTGCTTCACCACTAAAAGCGCGAACTTGTCTAGCCTGCTTGTTCATCTGATTTGAAAGTTTCTCTCCCCCCCCCCCCCCCGTTCTGTCTGCACTTACAGATTCAGGCTCGAAATCATGGAAGAGGTTGACGAAACAGATGCCCAACCTCAGGTTTATATGGCATGCATCATGCACGGTCGAAGAGTTGGAATCTCTTATT...
XM_057953814.1
CTGTTATTCGCGCCAGCTTGCTTCACCACTAAAAGCGCGAACTTGTCTAGCCTGCTTGTTCATCTGATTTGAAAGTTTCTCTCCCCCCCCCCCCCCCGTTCTGTCTGCACTTACAGATTCAGGCTCGAAATCATGGAAGAGGTTGACGAAACAGATGCCCAACCTCAGGTTTATATGGCATGCATCATGCACGGTCGAAGAGTTGGAATCTCTTATTATGATTCCAGTATATGCCAACTCCATGTTCTGGAATTTTGGGA...

CDS

6 records

下载 CDS FASTA
LOC131024297
ATGGAAGAGGTTGACGAAACAGATGCCCAACCTCAGGTTTATATGGCATGCATCATGCACGGTCGAAGAGTTGGAATCTCTTATTATGATTCCAGTATATGCCAACTCCATGTTCTGGAATTTTGGGAAGATGAGGATGGAGATTTTCCTATGGTTGAGATGGTGAAATATCAAGCTCAGCCTTGCATTATTTATACCAGCACTAAGAGTGAAGAGTCCTTCTTGAATGCTTTACAAAGCAATGACGGAGACACTGAAGC...
LOC131024297
ATGGAAGAGGTTGACGAAACAGATGCCCAACCTCAGGTTTATATGGCATGCATCATGCACGGTCGAAGAGTTGGAATCTCTTATTATGATTCCAGTATATGCCAACTCCATGTTCTGGAATTTTGGGAAGATGAGGATGGAGATTTTCCTATGGTTGAGATGGTGAAATATCAAGCTCAGCCTTGCATTATTTATACCAGCACTAAGAGTGAAGAGTCCTTCTTGAATGCTTTACAAAGCAATGACGGAGACACTGAAGC...

Protein

6 records

下载 Protein FASTA
XP_057809792.1
MEEVDETDAQPQVYMACIMHGRRVGISYYDSSICQLHVLEFWEDEDGDFPMVEMVKYQAQPCIIYTSTKSEESFLNALQSNDGDTEAPTVKLVKSSLFTYEQAWHRLMYLRVAGMDEGLNIKERVSFLSSMMDIRSDVQVRVSGGLLAILENERIVDTLEQKESVNPSIAINSISEISLHNFLKVDSAAHEALHIFQTDKHPSHMGIGRSKEGFSVYGMMNKCVTPMGRRLLRNWFLRPIVDLEKLNVRLDTISFFVGAE...
XP_057809793.1
MEEVDETDAQPQVYMACIMHGRRVGISYYDSSICQLHVLEFWEDEDGDFPMVEMVKYQAQPCIIYTSTKSEESFLNALQSNDGDTEAPTVKLVKSSLFTYEQAWHRLMYLRVAGMDEGLNIKERVSFLSSMMDIRSDVQVRVSGGLLAILENERIVDTLEQKESVNPSIAINSISEISLHNFLKVDSAAHEALHIFQTDKHPSHMGIGRSKEGFSVYGMMNKCVTPMGRRLLRNWFLRPIVDLEKLNVRLDTISFFVGAE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

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