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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003009

染色体: Chr05 坐标: 37327218-37327565 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003009
名称SmilChr05G003009
描述uncharacterized SmilChr05G003009
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向37327218 - 37327565 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025871
GeneID131025871
locus_tag-
NCBI NameLOC131025871
原始查询SmilChr05G003009

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025871

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811640.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057811640.1
3 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057811640.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811640.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811640.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:37327221 G GT 1bp_insertion frameshift_variant 2 B125,C58
Chr5:37327221 G GT 1bp_insertion CDS_variant 2 B125,C58
Chr5:37327222 A ATC 2bp_insertion frameshift_variant 2 B125,C58
Chr5:37327222 A ATC 2bp_insertion CDS_variant 2 B125,C58
Chr5:37327239 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B4,B69,B82,C41,C55
Chr5:37327249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A5,B4
Chr5:37327261 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B121,C4
Chr5:37327283 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A11,B35,B73,B97,C67
Chr5:37327293 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A23,A9,B12,B136,B64
Chr5:37327300 G GGA 2bp_insertion frameshift_variant 10 B10,B107,B29,B42,B78,C35,C37,C66,C83,C9
Chr5:37327308 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,B31,B47,B83
Chr5:37327325 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B99,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955657.1
ATGGAAGAGCTTGATGAGTTGCGTAATGAAGCATATGAGAATGCGCGCATCTACAAGGATAAAGTGAAGAAAATGCATGATCGTCGCGTTGTGCAAAAGGACTTCCACCCGGGCATGAAAGTACTGTTGTTCAACTCACGGTTGAAACTCTTTCCGGGAAAACTCAAGTCCCGTTGGATTGGCCCCTTCATCATCAAAGAAGTACTCAACCATGGAGTCGTGGTGTTGACCAAGGAAGGCACCGATGAGCAGTTTACAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025871
ATGGAAGAGCTTGATGAGTTGCGTAATGAAGCATATGAGAATGCGCGCATCTACAAGGATAAAGTGAAGAAAATGCATGATCGTCGCGTTGTGCAAAAGGACTTCCACCCGGGCATGAAAGTACTGTTGTTCAACTCACGGTTGAAACTCTTTCCGGGAAAACTCAAGTCCCGTTGGATTGGCCCCTTCATCATCAAAGAAGTACTCAACCATGGAGTCGTGGTGTTGACCAAGGAAGGCACCGATGAGCAGTTTACAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811640.1
MEELDELRNEAYENARIYKDKVKKMHDRRVVQKDFHPGMKVLLFNSRLKLFPGKLKSRWIGPFIIKEVLNHGVVVLTKEGTDEQFTVNGHRVKPYLEHEVVSVVVESQALHDPTF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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