Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003017`

染色体: Chr05 坐标: 37558758-37583240 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003017`
名称	SmilChr05G003017
描述	uncharacterized SmilChr05G003017
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	37558758 - 37583240 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025876`
GeneID	`131025876`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025876`
原始查询	`SmilChr05G003017`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`ATMG00860` - identity=41.2; qcov=0.075; evalue=9.91e-19; confidence=weak
Rice	`Os04g0191000` - identity=38.5; qcov=0.394; evalue=2.07e-94; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00098 (zf-CCHC); PF00665 (rve); PF03732 (PEG10_N-capsid); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF24626 (SH3_Tf2-1); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025876

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811644.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811644.1`
3	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057811644.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811644.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811644.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:37559078`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,B44
`Chr5:37559606`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C80
`Chr5:37559756`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B106,B115,B69,B93,C23
`Chr5:37560339`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B119,B84,C41
`Chr5:37560733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B132,B17,B67,C46
`Chr5:37560776`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C46
`Chr5:37561252`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B123
`Chr5:37561265`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B59,C24,C59,C77
`Chr5:37561319`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C2,C30,C51,D9
`Chr5:37561322`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C2,C30,C51
`Chr5:37561345`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C23
`Chr5:37561364`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	15	B132,B22,B36,B47,B53,B74,B89,C1,C23,C30,C51,C59,C62,C78,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811644.1

1299 aa

650

1299

PEG10_N-capsid

zf-CCHC

PRO_PEG10-RTL1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

Integrase_H2C2

rve

SH3_Tf2-1

PF03732 PEG10_N-capsid 274-325 aa PF00098 zf-CCHC 466-483 aa PF30863 PRO_PEG10-RTL1 553-631 aa PF17919 RT_RNaseH_2 785-879 aa PF17917 RT_RNaseH 810-909 aa PF17921 Integrase_H2C2 946-1003 aa PF00665 rve 1023-1113 aa PF24626 SH3_Tf2-1 1187-1246 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811644.1`	Pfam	`PF03732`	PEG10_N-capsid	Domain	274	325	4.3e-10	40.5	Retrotransposon-derived protein PEG10, N-terminal capsid-like domain
`XP_057811644.1`	Pfam	`PF00098`	zf-CCHC	Domain	466	483	0.00013	22.6	Zinc knuckle
`XP_057811644.1`	Pfam	`PF30863`	PRO_PEG10-RTL1	Domain	553	631	2.3e-13	51.3	PEG10/RTL1 protease domain
`XP_057811644.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	785	879	1.7e-31	109.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057811644.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	810	909	3e-34	118.0	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057811644.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	946	1003	1.6e-17	64.1	Integrase zinc binding domain
`XP_057811644.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	1023	1113	7.4e-09	36.5	Integrase core domain
`XP_057811644.1`	Pfam	`PF24626`	SH3_Tf2-1	Domain	1187	1246	1.4e-18	67.5	Tf2-1-like, SH3 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955661.1
ATGGTGGAGAAATCGGGGCTGACCGAGGTGCAACACCCCAAGCCGTATCGTTTGCAATGGCTGAATGAGACCGGCGTCGTCGAGGTTACCACGCAAGTGACAGTGCCTATTCGCCTTGGCAAGTATGAAGATGAGGTTTTGTGTGATGTTATTCCCATGCAGGCGACCCACATTTTGTTGGGTAGACCGTGGCAGGTCGATAGACGAGCTATTCATGATGAAGTCACCAATAAGTACTCCTTCGCGTATAAGCAAAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025876
ATGGTGGAGAAATCGGGGCTGACCGAGGTGCAACACCCCAAGCCGTATCGTTTGCAATGGCTGAATGAGACCGGCGTCGTCGAGGTTACCACGCAAGTGACAGTGCCTATTCGCCTTGGCAAGTATGAAGATGAGGTTTTGTGTGATGTTATTCCCATGCAGGCGACCCACATTTTGTTGGGTAGACCGTGGCAGGTCGATAGACGAGCTATTCATGATGAAGTCACCAATAAGTACTCCTTCGCGTATAAGCAAAAGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811644.1
MVEKSGLTEVQHPKPYRLQWLNETGVVEVTTQVTVPIRLGKYEDEVLCDVIPMQATHILLGRPWQVDRRAIHDEVTNKYSFAYKQKKLAIVSLSPQQIYEDHLQLQQRHKEADKVKSTEQPVEKKEMKVAVEVVVAIKDEDSREEVLEKSTSSILEAKALSQAMGIEQEKRCDDANKFELTLFTQDQLQWQTHIGDTKLMKLVKGPFHIDQYEREIFGEATPMLTTWLFGREKRHGGIFNNNFGMIQVQENSAFEPTHMV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器