当前解析结果
SmilChr05G003031| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003031 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003031 |
| 描述 | AUGMIN subunit 4 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 37934694 - 37938963 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131024321 |
|---|---|
| GeneID | 131024321 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024321 |
| 原始查询 | SmilChr05G003031 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | AUGMIN subunit 4 |
| 产物 | AUGMIN subunit 4 |
| Arabidopsis | AT1G50710 (AUG4)HAUS augmin-like complex subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841493] identity=77.7; qcov=0.97; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os02g0119100 (SIP9)- identity=52.6; qcov=0.482; evalue=1.5e-55; confidence=medium |
| GO | GO:0051011 (microtubule minus-end binding); GO:0051225 (spindle assembly); GO:0070652 (HAUS complex) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14735 (HAUS4) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024321 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoskeleton | 细胞骨架 | 0.60000 | XP_057809808.1 |
| 2 | Spindle | Spindle | 0.60000 | XP_057809808.1 |
| 3 | Cytoplasmic vesicle | 细胞质囊泡 | 0.40000 | XP_057809808.1 |
| 4 | Spindle pole | Spindle pole | 0.40000 | XP_057809808.1 |
| 5 | Cell projection | 细胞突起 | 0.40000 | XP_057809808.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:37935054 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B69,B9,C5 |
Chr5:37935392 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C35 |
Chr5:37936415 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,C4 |
Chr5:37938641 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 69 | A10,A13,A14,A20,A21,A24,A25,A6,A7,B100,B103,B105,B12,B122,B125,B133,B135,B139,B140,B17,B18,B20,B22,B25,B30,B31,B4,B55,B61,B65,B66,B67,B70,B71,B74,B82,B86,B9,B94,B95,B97,C13,C14,C15,C17,C2,C27,C28,C3,C31,C32,C38,C40,C42,C43,C45,C5,C57,C61,C63,C68,C70,C73,C76,C77,D2,D4,D5,D8 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809808.1PF14735
HAUS4 188-423 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809808.1 |
Pfam | PF14735 |
HAUS4 | Family | 188 | 423 | 1.1e-80 | 271.4 | HAUS augmin-like complex subunit 4 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。