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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003032

染色体: Chr05 坐标: 37940290-37943237 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003032
名称SmilChr05G003032
描述calcium-dependent protein kinase 2
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向37940290 - 37943237 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024319
GeneID131024319
locus_tag-
NCBI NameLOC131024319
原始查询SmilChr05G003032

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述calcium-dependent protein kinase 2
产物calcium-dependent protein kinase 2
ArabidopsisAT3G20410 (CPK9)
calmodulin-domain protein kinase 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821586]
identity=79.4; qcov=0.917; evalue=0; confidence=high
RiceOs07g0515100 (OsCDPK19)
calcium-dependent protein kinase 19-like [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4343373]
identity=71.6; qcov=1.05; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004683 (calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity); GO:0005509 (calcium ion binding); GO:0005516 (calmodulin binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0009931 (calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity); GO:0018105 (peptidyl-serine phosphorylation); GO:0035556 (intracellular signal transduction); GO:0046777 (protein autophosphorylation)
KEGGsmil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04626 (Plant-pathogen interaction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00036 (EF-hand_1); PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF13202 (EF-hand_5); PF13405 (EF-hand_6); PF13499 (EF-hand_7); PF13833 (EF-hand_8)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024319

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057809807.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057809807.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057809807.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057809807.1
5 Cell projection 细胞突起 0.20000 XP_057809807.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:37941051 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:37941501 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A9,B103,C12,C57
Chr5:37942359 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B66,D5
Chr5:37942541 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B18
Chr5:37942560 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C12
Chr5:37942561 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,B9,C5
Chr5:37942861 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:37942921 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B75,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809807.1
508 aa
N
1
254
508
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
EF-hand_5
EF-hand_1
EF-hand_7
EF-hand_8
EF-hand_5
EF-hand_7
EF-hand_6
EF-hand_1
EF-hand_5
EF-hand_8
EF-hand_1
EF-hand_5
C
PF00069 Pkinase 61-319 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 63-315 aa PF13202 EF-hand_5 367-389 aa PF00036 EF-hand_1 367-393 aa PF13499 EF-hand_7 367-427 aa PF13833 EF-hand_8 379-426 aa PF13202 EF-hand_5 404-424 aa PF13499 EF-hand_7 436-499 aa PF13405 EF-hand_6 439-467 aa PF00036 EF-hand_1 440-464 aa PF13202 EF-hand_5 441-461 aa PF13833 EF-hand_8 454-499 aa PF00036 EF-hand_1 474-500 aa PF13202 EF-hand_5 475-496 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809807.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 61 319 1.2e-78 264.9 Protein kinase domain
XP_057809807.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 63 315 3.2e-30 106.0 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057809807.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 367 389 7.5e-23 79.6 EF hand
XP_057809807.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 367 393 4.9e-33 110.9 EF hand domain
XP_057809807.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 367 427 2e-32 112.0 EF-hand domain pair
XP_057809807.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 379 426 5.5e-15 55.6 EF-hand domain pair
XP_057809807.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 404 424 7.5e-23 79.6 EF hand
XP_057809807.1 Pfam PF13499 EF-hand_7 Domain 436 499 2e-32 112.0 EF-hand domain pair
XP_057809807.1 Pfam PF13405 EF-hand_6 Domain 439 467 1.9e-25 86.8 EF-hand domain
XP_057809807.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 440 464 4.9e-33 110.9 EF hand domain
XP_057809807.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 441 461 7.5e-23 79.6 EF hand
XP_057809807.1 Pfam PF13833 EF-hand_8 Domain 454 499 5.5e-15 55.6 EF-hand domain pair
XP_057809807.1 Pfam PF00036 EF-hand_1 Domain 474 500 4.9e-33 110.9 EF hand domain
XP_057809807.1 Pfam PF13202 EF-hand_5 Domain 475 496 7.5e-23 79.6 EF hand

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953824.1
GATTAATTCAACTCATGCATTATCATATACGAACTCTCCCACTATATTTTAATCGTGCCAAGTTTGGACTTTTTCAATTTATTTGTCAACATATTCGAGGCTGAACTGAATAGGCCTCACGTTGACAAATTCGATCGTGAAATTTACAGCTCCCTTTCCCTTCCCTTCCCTTGCTTGAAAAGAATAAAATAAATATATCCATCCATTTCTCTGCACATCTCCATTTTGTTCCAATGGGGCTGTGCGTGAGCAAGGAGAAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024319
ATGGGGCTGTGCGTGAGCAAGGAGAAGCATGCAAAGCCCAACGGCAACCATCACCACCAAACTCCCATACAGTACACGATGTCGCCGGGGTACGCGGCGCAGCTAGTGGCCGCGCCGCCGCCCCCGCCGGCGCCGGCGAAGACGATCCTAGGGAAGGCGTACGAGGACGTGACGGTGCAATATAGGCTGGGGAAGGAGCTGGGGCGAGGGCAGTTCGGCGTGACGTATCTGTGCACGGAGATAGCGACGGGGCAGCAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809807.1
MGLCVSKEKHAKPNGNHHHQTPIQYTMSPGYAAQLVAAPPPPPAPAKTILGKAYEDVTVQYRLGKELGRGQFGVTYLCTEIATGQQLACKSISKKKLVTRSDKEDMRREIQIMQHLSGQPNIVEFKGAYEDKHSVHLVMELCAGGELFDRIIANGHYTESAAAAICRSIVGVVQICHFMGVMHRDLKPENFLLSDKGDNALLKATDFGLSVFIEEGKTYKDVVGSAYYVAPEVLRRKYGKEVDIWSAGVMLYILLSGVPP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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