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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003034

染色体: Chr05 坐标: 38019919-38020756 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003034
名称SmilChr05G003034
描述uncharacterized SmilChr05G003034
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向38019919 - 38020756 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025884
GeneID131025884
locus_tag-
NCBI NameLOC131025884
原始查询SmilChr05G003034

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]; symbol=AT2G20830; hit=AT2G20830; species=arabidopsis; confidence=high
产物folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]; symbol=AT2G20830; hit=AT2G20830; species=arabidopsis; confidence=high
ArabidopsisAT2G20830 (AT2G20830)
folic acid binding / transferase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:816615]
identity=55.7; qcov=0.61; evalue=1.99e-57; confidence=high
RiceOs03g0582000 (OJ1785_A05.10)
-
identity=46.5; qcov=0.606; evalue=2.34e-49; confidence=medium
GOGO:0005542 (folic acid binding); GO:0016740 (transferase activity)
KEGG-
PfamPF07837 (FTCD_N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025884

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057811647.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057811647.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057811647.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057811647.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811647.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:38019955 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B134,C24
Chr5:38019976 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B122,B61
Chr5:38019985 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B119,B6,B77,B97,C31
Chr5:38019992 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A2,C42
Chr5:38019996 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,C36
Chr5:38020024 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr5:38020024 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:38020066 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr5:38020067 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A3,B106,B6,B77
Chr5:38020075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B118,B122,C66
Chr5:38020195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B35,C66
Chr5:38020196 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B35,C11,C66,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811647.1
259 aa
N
1
130
259
FTCD_N
C
PF07837 FTCD_N 67-134 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811647.1 Pfam PF07837 FTCD_N Domain 67 134 9.8e-07 29.4 Formiminotransferase domain, N-terminal subdomain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955664.1
ATGGCTAGCAAGATTGTTAAGTGTGTGATGAAGTCTGTGATTAAGAGTAAGGGAAATCGTTTAGAAGTGAGATGCTCGATAGAGGATGACTACATAATTGTGTCACGAACAAAATGGAGCATCAAAATAGCATCTATTGAGATAGTAGGGAATTTGCTCATTGTTCAGAGAATTGGTAAAATTGGTATTGGTATTCCTGCAGTTGCTACCTTCTTGTACGGAGCTGCACACGGTGAGGGGAGGTGGCTCGACACAATCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025884
ATGGCTAGCAAGATTGTTAAGTGTGTGATGAAGTCTGTGATTAAGAGTAAGGGAAATCGTTTAGAAGTGAGATGCTCGATAGAGGATGACTACATAATTGTGTCACGAACAAAATGGAGCATCAAAATAGCATCTATTGAGATAGTAGGGAATTTGCTCATTGTTCAGAGAATTGGTAAAATTGGTATTGGTATTCCTGCAGTTGCTACCTTCTTGTACGGAGCTGCACACGGTGAGGGGAGGTGGCTCGACACAATCAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811647.1
MASKIVKCVMKSVIKSKGNRLEVRCSIEDDYIIVSRTKWSIKIASIEIVGNLLIVQRIGKIGIGIPAVATFLYGAAHGEGRWLDTIRRELGYFKQNADGNQWVGSLQSETLQLKPDEGPPRAVLTKGVVVVGATQWVENYNVPIFSTDMAVVRRISKRITGRGGGLPSVQSMALAHGKGMIEVDCNLLDTSKAGGEDVQRAVECLAREKGMDVGEGYYTDLSQNQKKFICFFDVVYGDVETGLGGGLKLCGTREARGRR

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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