当前解析结果
SmilChr05G003041| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003041 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003041 |
| 描述 | purple acid phosphatase 18-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 38200743 - 38202739 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131024328 |
|---|---|
| GeneID | 131024328 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024328 |
| 原始查询 | SmilChr05G003041 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | purple acid phosphatase 18-like |
| 产物 | purple acid phosphatase 18-like |
| Arabidopsis | AT3G20500 (PAP18)purple acid phosphatase 18 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821596] identity=69.1; qcov=0.991; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os03g0568900 (OsPAP18)- identity=69.5; qcov=0.897; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0003993 (acid phosphatase activity); GO:0046872 (metal ion binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00149 (Metallophos); PF14008 (Metallophos_C); PF16656 (Pur_ac_phosph_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024328 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Vacuole | 液泡 | 0.80000 | XP_057809824.1 |
| 2 | Secreted | 分泌到胞外 | 0.20000 | XP_057809824.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057809824.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057809824.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057809824.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:38201209 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B132,C68 |
Chr5:38201257 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B89 |
Chr5:38201440 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B117,B46,B94,B99 |
Chr5:38201460 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C33 |
Chr5:38201559 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,C33 |
Chr5:38201582 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B38 |
Chr5:38201681 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A5,B104,B4,C19,C34 |
Chr5:38202003 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B107,B31,B40,B98,C28 |
Chr5:38202014 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B94,B99 |
Chr5:38202295 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C2 |
Chr5:38202447 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A20,A22,B119,B43,B7 |
Chr5:38202466 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B104 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057809824.1PF16656
Pur_ac_phosph_N 46-132 aa
PF00149
Metallophos 141-330 aa
PF14008
Metallophos_C 345-402 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057809824.1 |
Pfam | PF16656 |
Pur_ac_phosph_N | Domain | 46 | 132 | 4.1e-21 | 76.1 | Purple acid Phosphatase, N-terminal domain |
XP_057809824.1 |
Pfam | PF00149 |
Metallophos | Domain | 141 | 330 | 3.5e-18 | 67.5 | Calcineurin-like phosphoesterase |
XP_057809824.1 |
Pfam | PF14008 |
Metallophos_C | Domain | 345 | 402 | 1.9e-21 | 77.2 | Iron/zinc purple acid phosphatase-like protein C |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。