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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003042

染色体: Chr05 坐标: 38202802-38205082 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003042
名称SmilChr05G003042
描述CRS2-associated factor 2, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向38202802 - 38205082 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024329
GeneID131024329
locus_tag-
NCBI NameLOC131024329
原始查询SmilChr05G003042

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述CRS2-associated factor 2, mitochondrial-like
产物CRS2-associated factor 2%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT5G54890 (AT5G54890)
RNA-binding CRS1 / YhbY (CRM) domain-containing protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835580]
identity=59; qcov=1.05; evalue=4.56e-30; confidence=medium
RiceOs08g0188000
-
identity=55; qcov=1.09; evalue=7.57e-30; confidence=medium
GOGO:0000373 (Group II intron splicing); GO:0003723 (RNA binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024329

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chloroplast 叶绿体 0.40000 XP_057809825.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057809825.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057809825.1
4 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057809825.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809825.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:38203058 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A11,A3,C74
Chr5:38203085 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:38203278 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953842.1
TTAGGAGATCCCATTCCCGCCACAACATTTGCTCCCCCAAATCAATTTGGGAAGAGGAGGTGTTATGCATAACACATTTGAAGATATACACAGCCATTGGAAAAGGGCTGAGGCTGTGAGAATAAAGTGCTTGAGGCTGTGAGACATGGGCAATATTTGCTTCCATCTCGACTTCTCGAGGTTTCAAACCCTCAAAAACTCTGACATTCTACTGATGTTGTGGAAGCCTTACGCACCAATATATCCCAAGCTAGTGAAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024329
ATGGGCAATATTTGCTTCCATCTCGACTTCTCGAGGTTTCAAACCCTCAAAAACTCTGACATTCTACTGATGTTGTGGAAGCCTTACGCACCAATATATCCCAAGCTAGTGAAGAATGTGGCTGATGGTCTAACATTTGAAGAAACTAAGGAGAAGCGAAACAGAGGACTTAATTCTCCCCCTCTAGTGAAACTCACTAGAAATGGCGTGAATGTAAACGTGGTGGAGAGAGTGAGGACAGCATTTGAGACTGATGAGTC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809825.1
MGNICFHLDFSRFQTLKNSDILLMLWKPYAPIYPKLVKNVADGLTFEETKEKRNRGLNSPPLVKLTRNGVNVNVVERVRTAFETDESLCLCLELLSEEKD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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