Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003044`

染色体: Chr05 坐标: 38246741-38248438 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003044`
名称	SmilChr05G003044
描述	taxane 13-alpha-hydroxylase-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	38246741 - 38248438 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024333`
GeneID	`131024333`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024333`
原始查询	`SmilChr05G003044`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	taxane 13-alpha-hydroxylase-like
产物	taxane 13-alpha-hydroxylase-like
Arabidopsis	`AT5G36110` (CYP716A1) cytochrome P450, family 716, subfamily A, polypeptide 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833607] identity=37.1; qcov=0.953; evalue=9.51e-107; confidence=medium
Rice	`Os07g0518100` - identity=54.3; qcov=0.985; evalue=2.94e-170; confidence=high
GO	GO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016125 (sterol metabolic process); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG	-
Pfam	PF00067 (p450)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024333

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Endoplasmic reticulum	内质网	1.00000	`XP_057809828.1`
2	Endoplasmic reticulum membrane	内质网膜	0.80000	`XP_057809828.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809828.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809828.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809828.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:38246910`	`CT`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B15
`Chr5:38246910`	`CT`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B15
`Chr5:38247158`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A13,B139,C4
`Chr5:38247386`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B127,B130,B136,C33
`Chr5:38247458`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B56,C19
`Chr5:38247661`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B33,C58,C7
`Chr5:38247684`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B122
`Chr5:38247997`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B121

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809828.1

469 aa

234

469

p450

PF00067 p450 30-440 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809828.1`	Pfam	`PF00067`	p450	Domain	30	440	4.6e-67	227.5	Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953845.1
GAACCAAAAACCATAGATCCCATTCAACATCGAGACAAAATGAATATTCCCAAAAACCAACTAGCTAGGTAGGTCAAGAATGAAGATGATAAGTATATATAAATGACAAGATGGAGTAATATTGATTTGTCCATGAATCACAATGTCCTCCCTCCTCCTACTAGCCTCTCTCTTCCTAGTAGTATGGTTGCTTCTTCTCTCTAGGAGAAGAAAAACATCGGAGAAGACACCCCCGGGATCATTAGGAATACCATTAATCG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024333
ATGTCCTCCCTCCTCCTACTAGCCTCTCTCTTCCTAGTAGTATGGTTGCTTCTTCTCTCTAGGAGAAGAAAAACATCGGAGAAGACACCCCCGGGATCATTAGGAATACCATTAATCGGGCAAAGCCTGAGCCTCCTGTGGGCCATGCGTGCCAACACCGCCGAGAAATGGATGGCCGACAGAGCTCGAAGGTACGGCGCCGTTTCGAAGCTGAGCCTCTTCGGGAAACCAACCGTGTTTATGTACGGTCAGGCTGCCAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809828.1
MSSLLLLASLFLVVWLLLLSRRRKTSEKTPPGSLGIPLIGQSLSLLWAMRANTAEKWMADRARRYGAVSKLSLFGKPTVFMYGQAANRFVFSSDGNKLSNQQTESVRMILGDRCLLELVGEDHKRIRDALASFLKPDCLKNYIGKMEEEVRMHLQMHWHGETSLKVLPLMKTLTFNIICSLLFGVERGAARDTLVVYFQEMIDGMWSVPLNLPFTRFNRSLKASAKVQKMLKHLLSEKRAQLAAGASSHQDLITCLLTVR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器