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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003052

染色体: Chr05 坐标: 38276181-38276762 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003052
名称SmilChr05G003052
描述thioredoxin-like protein CDSP32, chloroplastic
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向38276181 - 38276762 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025888
GeneID131025888
locus_tag-
NCBI NameLOC131025888
原始查询SmilChr05G003052

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述thioredoxin-like protein CDSP32, chloroplastic
产物thioredoxin-like protein CDSP32%2C chloroplastic
ArabidopsisAT1G76080 (CDSP32)
chloroplastic drought-induced stress protein of 32 kD [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843940]
identity=50.7; qcov=0.993; evalue=6.81e-44; confidence=medium
RiceOs07g0476900 (CDSP32)
-
identity=49.7; qcov=1; evalue=9.73e-44; confidence=medium
GOGO:0016671 (oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, disulfide as acceptor)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025888

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.60000 XP_057811651.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057811651.1
3 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057811651.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811651.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811651.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:38276230 T TC 1bp_insertion frameshift_variant 130 A11,A13,A14,A15,A16,A18,A2,A20,A5,A6,A7,B1,B10,B100,B103,B105,B108,B109,B11,B110,B114,B117,B12,B120,B123,B127,B129,B13,B14,B140,B16,B18,B2,B20,B24,B26,B28,B3,B30,B32,B34,B36,B37,B4,B41,B42,B43,B45,B47,B49,B50,B54,B55,B59,B60,B61,B62,B63,B64,B66,B68,B69,B72,B73,B75,B76,B77,B78,B79,B8,B80,B82,B85,B86,B87,B9,B90,B91,B92,B93,B94,B95,C10,C13,C14,C15,C18,C2,C20,C21,C27,C28,C30,C34,C35,C37,C39,C45,C46,C48,C49,C50,C51,C53,C56,C57,C60,C61,C62,C63,C65,C71,C72,C74,C75,C76,C77,C79,C81,C82,C83,C84,C85,D1,D10,D11,D3,D4,D8,D9
Chr5:38276402 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:38276414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A10,B42
Chr5:38276435 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B26,C42
Chr5:38276438 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B42
Chr5:38276447 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 31 A16,B103,B120,B125,B14,B18,B30,B41,B6,B63,B72,B8,B82,B85,B86,B90,B91,B92,B95,B97,C13,C14,C18,C21,C37,C54,C63,C70,C77,C79,C83
Chr5:38276459 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B137,B54
Chr5:38276460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B109
Chr5:38276523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:38276618 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:38276619 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:38276622 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955668.1
ATGGGCGTGGAGAAGTCTAGAAGGTCCATAGCACGACGTAGTCTAGAAGGTCCACCGCAAGGCGACGTGGACTTCCTCCTGGTGATAGGCGACAAGTCGGAGGCAACACGCGCCCTCTGCACCCTGGAGAAGATCGAGCAGGTGCCGCACTTCAACTTCTACAAGAGCATGGAGAAGATCCACGAGGAGAAGGCCATCGGCCTCGACCAGCTCGTTGTGCTCGACGTTGGCCTCAAGCACTACGGCCCCTGCGTCAAGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025888
ATGGGCGTGGAGAAGTCTAGAAGGTCCATAGCACGACGTAGTCTAGAAGGTCCACCGCAAGGCGACGTGGACTTCCTCCTGGTGATAGGCGACAAGTCGGAGGCAACACGCGCCCTCTGCACCCTGGAGAAGATCGAGCAGGTGCCGCACTTCAACTTCTACAAGAGCATGGAGAAGATCCACGAGGAGAAGGCCATCGGCCTCGACCAGCTCGTTGTGCTCGACGTTGGCCTCAAGCACTACGGCCCCTGCGTCAAGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811651.1
MGVEKSRRSIARRSLEGPPQGDVDFLLVIGDKSEATRALCTLEKIEQVPHFNFYKSMEKIHEEKAIGLDQLVVLDVGLKHYGPCVKVYPIVIKLSRSMEDTVIFAQLNDDKNDSCMRFLHDMVVVEGSIWAKVKNGGEGIRSRGLYFRGESAP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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