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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003067`

染色体: Chr05 坐标: 38527458-38541289 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003067`
名称	SmilChr05G003067
描述	uncharacterized SmilChr05G003067
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	38527458 - 38541289 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025894`
GeneID	`131025894`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025894`
原始查询	`SmilChr05G003067`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os11g0656500; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os11g0656500; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os11g0656500` - identity=23.6; qcov=0.274; evalue=6.93e-13; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF13976 (gag_pre-integrs); PF14223 (Retrotran_gag_2); PF25597 (SH3_retrovirus)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025894

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057811657.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811657.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811657.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811657.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811657.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:38527472`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C43,C76
`Chr5:38527479`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr5:38527487`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B20,C62
`Chr5:38527491`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,B9,B94,C5
`Chr5:38527502`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B69,B9,B94,C5
`Chr5:38527516`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr5:38527530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr5:38537811`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B107,B31,C28
`Chr5:38537820`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C81
`Chr5:38537850`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:38537860`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	8	B104,B15,B23,B50,B75,C42,D11,D6
`Chr5:38537866`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B111,C17,C26

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811657.1

899 aa

450

899

Retrotran_gag_2

gag_pre-integrs

SH3_retrovirus

PF14223 Retrotran_gag_2 70-212 aa PF13976 gag_pre-integrs 587-634 aa PF25597 SH3_retrovirus 721-762 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811657.1`	Pfam	`PF14223`	Retrotran_gag_2	Domain	70	212	1e-22	81.4	gag-polypeptide of LTR copia-type
`XP_057811657.1`	Pfam	`PF13976`	gag_pre-integrs	Domain	587	634	1.9e-11	44.3	GAG-pre-integrase domain
`XP_057811657.1`	Pfam	`PF25597`	SH3_retrovirus	Domain	721	762	2.9e-12	46.9	Retroviral polymerase SH3-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955674.1
ATGCGAGATCACGTCGACACCGTCAGCCACGGCGGCGTCGAACGCGGCGAGGATGTCGGAATCGTAGCAGTCGGCGTTCCAGCAGACTTTATACGCAGCGAGGTTGCTGTGTTGGATGGATGGACTCCACCACGTACCACTGATGAGAATGGTGTAACATATCTCACACCCGAAAGTAGATGGTCTGCTGATGAAAGACTTATCCCTCATGATAATTCCAGAGCCTTGAATGCTATTTTTATCTCTGTTGATGTTTCTGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025894
ATGCGAGATCACGTCGACACCGTCAGCCACGGCGGCGTCGAACGCGGCGAGGATGTCGGAATCGTAGCAGTCGGCGTTCCAGCAGACTTTATACGCAGCGAGGTTGCTGTGTTGGATGGATGGACTCCACCACGTACCACTGATGAGAATGGTGTAACATATCTCACACCCGAAAGTAGATGGTCTGCTGATGAAAGACTTATCCCTCATGATAATTCCAGAGCCTTGAATGCTATTTTTATCTCTGTTGATGTTTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811657.1
MRDHVDTVSHGGVERGEDVGIVAVGVPADFIRSEVAVLDGWTPPRTTDENGVTYLTPESRWSADERLIPHDNSRALNAIFISVDVSAFSMISNCTEALDAWLILQEQCEGSASVRATKMRMLTTKFEVLRMREDESISAYYEKLCEISNEAVGLGEPISNERLVSKMLRSLPERYNMKISSIEETTDVATMRVGDLVSKLVTFEMNLEQQKTDHLSKSVAFRVEKPSVNPDFTNMSEFTDVDHEEKDDANIAMLVKIFNN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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