当前解析结果
SmilChr05G003070| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003070 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003070 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003070 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 38596395 - 38601329 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025897 |
|---|---|
| GeneID | 131025897 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025897 |
| 原始查询 | SmilChr05G003070 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak |
| 产物 | hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=weak |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os08g0202300- identity=28.9; qcov=0.17; evalue=1.34e-07; confidence=weak |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025897 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811660.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.80000 | XP_057811660.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811660.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811660.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811660.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:38596406 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 9 | A19,B128,B13,B42,B60,B86,C19,C35,D6 |
Chr5:38596413 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B50,D6 |
Chr5:38596419 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B94 |
Chr5:38596426 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B50 |
Chr5:38596444 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
Chr5:38596471 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B14,B26,D10,D11 |
Chr5:38596519 |
G |
GC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | A7,B106 |
Chr5:38596519 |
G |
GC |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | A7,B106 |
Chr5:38596548 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 6 | B101,B14,B26,C37,D10,D11 |
Chr5:38596549 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 81 | A1,A10,A18,A24,A8,B102,B106,B109,B114,B115,B118,B125,B134,B140,B16,B17,B19,B2,B20,B24,B28,B30,B47,B49,B5,B51,B53,B59,B62,B64,B74,B75,B76,B77,B79,B81,B84,B90,B92,B95,C13,C14,C15,C16,C2,C20,C22,C24,C26,C31,C33,C35,C4,C42,C46,C49,C5,C51,C52,C54,C56,C57,C59,C60,C63,C64,C65,C66,C68,C69,C71,C78,C80,C81,C82,C84,D1,D11,D2,D4,D8 |
Chr5:38596567 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 3 | B134,B5,C54 |
Chr5:38596567 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 3 | B134,B5,C54 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。