Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003083`

染色体: Chr05 坐标: 39020207-39022077 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003083`
名称	SmilChr05G003083
描述	berberine bridge enzyme-like 18
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	39020207 - 39022077 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024360`
GeneID	`131024360`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024360`
原始查询	`SmilChr05G003083`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	berberine bridge enzyme-like 18
产物	berberine bridge enzyme-like 18
Arabidopsis	`AT4G20820` (AT4G20820) FAD-binding Berberine family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827830] identity=47.6; qcov=1; evalue=8.37e-168; confidence=high
Rice	`Os06g0548800` - identity=45.8; qcov=0.959; evalue=4.62e-138; confidence=high
GO	GO:0016491 (oxidoreductase activity); GO:0071949 (FAD binding)
KEGG	-
Pfam	PF01565 (FAD_binding_4); PF08031 (BBE)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024360

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	0.80000	`XP_057809851.1`
2	Cell wall	细胞壁	0.20000	`XP_057809851.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809851.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809851.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809851.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:39020358`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C36
`Chr5:39020379`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B78,C69
`Chr5:39020490`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr5:39020526`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr5:39020530`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:39020579`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B81
`Chr5:39020579`	`GC`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B81
`Chr5:39020610`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:39020613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C8
`Chr5:39020739`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B110,C76,C85,C9
`Chr5:39020799`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:39020840`	`ATT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	162	A1,A10,A11,A14,A15,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A3,A4,A6,A7,A9,B104,B105,B107,B108,B109,B110,B112,B113,B118,B12,B120,B123,B125,B128,B13,B130,B131,B132,B135,B137,B138,B139,B14,B18,B2,B20,B22,B24,B25,B26,B27,B29,B30,B32,B35,B36,B40,B42,B43,B45,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B54,B56,B58,B59,B60,B61,B63,B65,B66,B68,B7,B71,B72,B74,B75,B76,B77,B79,B8,B80,B81,B82,B83,B84,B85,B87,B88,B89,B90,B91,B93,B95,B97,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C18,C19,C2,C20,C23,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C32,C34,C35,C37,C38,C4,C40,C42,C43,C46,C5,C50,C53,C55,C57,C58,C6,C61,C67,C68,C69,C7,C70,C73,C74,C75,C76,C78,C79,C8,C80,C81,C82,C83,C84,C86,C87,D1,D10,D11,D2,D3,D6,D7,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809851.1

531 aa

266

531

FAD_binding_4

BBE

PF01565 FAD_binding_4 78-215 aa PF08031 BBE 470-527 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809851.1`	Pfam	`PF01565`	FAD_binding_4	Domain	78	215	1.4e-24	87.1	FAD binding domain
`XP_057809851.1`	Pfam	`PF08031`	BBE	Domain	470	527	3.8e-20	72.3	Berberine and berberine like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953868.1
AACTTCTATAAATAGAAGGCTAACAAACAAGACTAACATCAACAGAACAAATGGCGTCTCCTCATACTCTCACATTCCTCTTCTTAATTTTCACAAACCTCTTACTCTTCGGAGCTTCTTCATCTATAGATCATGGCTACGACGATTTTCTCGAATGCTTAACCGATCAATTCCAACGCTCAAACTCAGCTACTGATATAATCTATACCCCTCAAAATGCAACCTATGCATCTCTTTTACTATCACAAAATCTCCGGCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024360
ATGGCGTCTCCTCATACTCTCACATTCCTCTTCTTAATTTTCACAAACCTCTTACTCTTCGGAGCTTCTTCATCTATAGATCATGGCTACGACGATTTTCTCGAATGCTTAACCGATCAATTCCAACGCTCAAACTCAGCTACTGATATAATCTATACCCCTCAAAATGCAACCTATGCATCTCTTTTACTATCACAAAATCTCCGGCCAGCTTCCAGCTTGTTGGAGAGACCCGACCTCATCGTCACGCCCTTCCACGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809851.1
MASPHTLTFLFLIFTNLLLFGASSSIDHGYDDFLECLTDQFQRSNSATDIIYTPQNATYASLLLSQNLRPASSLLERPDLIVTPFHVSEIQAAIYCSRMLGLQIRVKSGGHDYEGLSYTSAATPFVIVDMRNFRSVTIDDKEKTARVQVGATLGQLYYTISRKSRTLAFPAGVCPTVGVGGHFSGGGYGMISRKHSIASDHIVDAILINADGKILDRRSMGEDLFWAIRGGGGTSFGIVLEFKVTLVTVPETVTVFNVTR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器