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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003099

染色体: Chr05 坐标: 39400258-39400626 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003099
名称SmilChr05G003099
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00820-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向39400258 - 39400626 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025908
GeneID131025908
locus_tag-
NCBI NameLOC131025908
原始查询SmilChr05G003099

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=ATMG00820; species=arabidopsis; confidence=low
产物hit=ATMG00820; species=arabidopsis; confidence=low
ArabidopsisATMG00820
-
identity=40.2; qcov=1; evalue=6.4e-19; confidence=low
Ricegene-orf490 (orf490)
-
identity=48.1; qcov=0.443; evalue=4.1e-10; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025908

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811670.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811670.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811670.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811670.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811670.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:39400259 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C48
Chr5:39400259 TA T 1bp_deletion CDS_variant 1 C48
Chr5:39400272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr5:39400291 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A23
Chr5:39400300 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B71,B77,C11
Chr5:39400331 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C12
Chr5:39400331 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C12
Chr5:39400457 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B71
Chr5:39400457 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B71
Chr5:39400461 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B74
Chr5:39400461 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B74
Chr5:39400548 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955687.1
ATGCTAACACGTGCCAAACATGGGATTTTTAAACCTAAAAGCTTTGCTGCTCAGGTTTTTTATGTCAATGTGAATAGTGAGCTTAACACCACTAATCTTATTGTCTATGAAGCTCTCACTACTGATGTTTCAGAAAAGCAATCTCTTCCTTCACTACCTTTGTCCACTGAAGAAGCCTTGCAATATCCCGGTTGGTTAGAGGCTATGAACAAAGAGATTACTGCTCTTGGCATCAAAGGCACCTGGATTTTACTTCCACC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025908
ATGCTAACACGTGCCAAACATGGGATTTTTAAACCTAAAAGCTTTGCTGCTCAGGTTTTTTATGTCAATGTGAATAGTGAGCTTAACACCACTAATCTTATTGTCTATGAAGCTCTCACTACTGATGTTTCAGAAAAGCAATCTCTTCCTTCACTACCTTTGTCCACTGAAGAAGCCTTGCAATATCCCGGTTGGTTAGAGGCTATGAACAAAGAGATTACTGCTCTTGGCATCAAAGGCACCTGGATTTTACTTCCACC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811670.1
MLTRAKHGIFKPKSFAAQVFYVNVNSELNTTNLIVYEALTTDVSEKQSLPSLPLSTEEALQYPGWLEAMNKEITALGIKGTWILLPPDPSYKVISNKWVFRIKTLADGTLDQLKAHLVARGF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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