当前解析结果
SmilChr05G003104| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003104 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003104 |
| 描述 | uncharacterized mitochondrial protein AtMg00300-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 39482617 - 39483659 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025910 |
|---|---|
| GeneID | 131025910 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025910 |
| 原始查询 | SmilChr05G003104 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os02g0671800; species=rice; confidence=medium |
| 产物 | hit=Os02g0671800; species=rice; confidence=medium |
| Arabidopsis | ATMG00300- identity=27.9; qcov=0.537; evalue=7.55e-08; confidence=low |
| Rice | Os02g0671800- identity=39.3; qcov=0.617; evalue=1.87e-21; confidence=medium |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025910 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811672.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057811672.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811672.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811672.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811672.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:39482633 |
T |
TC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 27 | A25,B1,B102,B115,B131,B136,B15,B19,B30,B38,B4,B47,B58,B62,B79,C18,C41,C48,C52,C59,C62,C72,C73,D1,D10,D2,D6 |
Chr5:39482645 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | C64,C66 |
Chr5:39482645 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C64,C66 |
Chr5:39482746 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C22,C64,C66 |
Chr5:39482831 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 1 | B46 |
Chr5:39482831 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr5:39482876 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B135,B23,B66 |
Chr5:39482911 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:39482940 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr5:39483160 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:39483240 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B46 |
Chr5:39483259 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B135,B23,B66 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。