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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003131

染色体: Chr05 坐标: 39944140-39946027 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003131
名称SmilChr05G003131
描述metal tolerance protein C2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向39944140 - 39946027 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024394
GeneID131024394
locus_tag-
NCBI NameLOC131024394
原始查询SmilChr05G003131

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述metal tolerance protein C2-like
产物metal tolerance protein C2-like
ArabidopsisAT3G12100 (AT3G12100)
Cation efflux family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820384]
identity=87.8; qcov=0.86; evalue=2.23e-44; confidence=medium
RiceOs02g0832700 (OsMTP5)
-
identity=83.8; qcov=0.791; evalue=1.53e-40; confidence=medium
GOGO:0005385 (zinc ion transmembrane transporter activity); GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0006829 (zinc ion transport); GO:0006882 (intracellular zinc ion homeostasis)
KEGG-
PfamPF01545 (Cation_efflux)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024394

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vacuole 液泡 1.00000 XP_057809876.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057809876.1
3 Golgi apparatus 高尔基体 0.40000 XP_057809876.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809876.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809876.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:39945315 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:39945330 T TGC 2bp_insertion frameshift_variant 1 B119
Chr5:39945330 T TGC 2bp_insertion CDS_variant 1 B119
Chr5:39945375 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B40,B56,B96
Chr5:39945743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:39945749 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr5:39945799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B65,B93,C8
Chr5:39945809 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr5:39945837 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 3 A10,B42,B43
Chr5:39945837 C CT 1bp_insertion CDS_variant 3 A10,B42,B43

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809876.1
86 aa
N
1
43
86
Cation_efflux
C
PF01545 Cation_efflux 2-72 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809876.1 Pfam PF01545 Cation_efflux Domain 2 72 8.7e-06 26.4 Cation efflux transmembrane domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953893.1
TGTATTCGTTGTGGAATTTGATGGATTTCTATGGATTTTAAAAGTCTGGGTGTATTCGTTCAAGACTTTTAAAAGTCTGCAGAAATCTGGGTGTATTCGTTCAAGACTTTTAAAAGTCCATATAAATCTGGGTGTATTCGTTCAAGACTTTTTAAAATCCATACAAATCTAGGTGTAGTCGTTATTCCATTGACTTAAAATCCGGAATGACTTTCATGGATTTCATCCAAAAAATACACACGACGAAATCCGGCTAAGAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024394
ATGTCGTTCTCCTTAGCTGTGGAAGCACTTCACGCGTTCATACAAGATGAGTCGGAGCACAAGCATTACTTAGTCATCTCAGCTGTTGCTAATTTTCTGGTAAATCTCATTGGTGTTTGGTTCTTCAGGAATTATGCCCGAATCAGTATTGCTTACAGAAAAGCTGAAGATATGAACTATCACTCCGTTTGCTTGCATGTTCTGGCTGATTCCATTCGTAGGTATGACAAACCATACATCTTTTCCTTTTTCTGGAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809876.1
MSFSLAVEALHAFIQDESEHKHYLVISAVANFLVNLIGVWFFRNYARISIAYRKAEDMNYHSVCLHVLADSIRRYDKPYIFSFFWK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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