Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003166`

染色体: Chr05 坐标: 40452279-40454951 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003166`
名称	SmilChr05G003166
描述	amino acid transporter AVT6A-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	40452279 - 40454951 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024422`
GeneID	`131024422`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024422`
原始查询	`SmilChr05G003166`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	amino acid transporter AVT6A-like
产物	amino acid transporter AVT6A-like
Arabidopsis	`AT3G30390` (AT3G30390) Transmembrane amino acid transporter family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822740] identity=65.5; qcov=0.953; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0633800` (OsATL5) - identity=60.9; qcov=0.966; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003333 (amino acid transmembrane transport); GO:0015171 (amino acid transmembrane transporter activity)
KEGG	-
Pfam	PF01490 (Aa_trans); PF03222 (Trp_Tyr_perm)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024422

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Vacuole	液泡	1.00000	`XP_057809915.1`
2	Vacuole membrane	液泡膜	1.00000	`XP_057809915.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057809915.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809915.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809915.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:40452706`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B94
`Chr5:40452742`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C42,C50,D4,D6
`Chr5:40452994`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B71
`Chr5:40453613`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B15
`Chr5:40454023`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B44
`Chr5:40454263`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B118,B51,B84,C25
`Chr5:40454520`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A11,B109,B44,C54
`Chr5:40454550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809915.1

471 aa

236

471

Aa_trans

Trp_Tyr_perm

PF01490 Aa_trans 50-453 aa PF03222 Trp_Tyr_perm 52-298 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809915.1`	Pfam	`PF01490`	Aa_trans	Domain	50	453	5.7e-53	180.8	Transmembrane amino acid transporter protein
`XP_057809915.1`	Pfam	`PF03222`	Trp_Tyr_perm	Family	52	298	3.6e-08	33.6	Tryptophan/tyrosine permease family

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057953932.1
GTATTTATGTCTGGTTCCAAATCTATATATCTCATGTTATAGTCGTAATTATATTTAAATCCAACCTTAAGTACGCAATCCAAATAAAGTAGCCCTAGCATTAACACAGGTGTCGGGTCAACAAAGCCAATCACGACATCCACCAAACTAGATAATAGGCACTTCCTATTACACACAAAAACATGTGTTGATAACTTCTCTTCCTCCAAAAAAGAAAAAGAAAAAGTGTTGATGCTACTTTCTGAAGCAGCTCTATTATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024422
ATGACGACGAAAACCCAGAAGAAATCGAGAAGCTCATCGAAGAAGTCCAAGAGAGAATCAGTTTCGGTCCGCATCATCGATGAGAAAACGCCTCTGCTGCTTCACAAGAAGGCGGAGAGCAGCAGTTTCTCCCACCAAGAAGCAGACGGAGCTTCCTTCACCGGAGCCGTATTCAACTTGTCCACCACCATAATCGGCGCCGGCATCATGGCATTGCCGGCCACCATGAAGGTCCTCGGCCTCGCCCTCGGGATTGCAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809915.1
MTTKTQKKSRSSSKKSKRESVSVRIIDEKTPLLLHKKAESSSFSHQEADGASFTGAVFNLSTTIIGAGIMALPATMKVLGLALGIAAIVFVAFLTELSIAMLLRFSKAGAVASYGGVMGDAFGAVGRKALQVCVVVNNIGVLIVYMIIIGDVVSGSTSSGVHHPGLMESWFGQQWWTGRFFVLVVTTLGIFSPLACFKRIDSLRHTSAVAVFLAVVFLVITAGIAVAKWMQGTMMPPRLLPNISDMNSIWTLFTVVPVLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器