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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003167`

染色体: Chr05 坐标: 40456184-40461134 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003167`
名称	SmilChr05G003167
描述	uncharacterized SmilChr05G003167
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	40456184 - 40461134 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025925`
GeneID	`131025925`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025925`
原始查询	`SmilChr05G003167`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0484800; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G43760` (AT1G43760) DNAse I-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840968] identity=29.2; qcov=0.303; evalue=7.8e-40; confidence=low
Rice	`Os06g0484800` - identity=28.6; qcov=0.595; evalue=8.66e-91; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF00078 (RVT_1); PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811688.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811688.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811688.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811688.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811688.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:40456191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B26,C11,C69
`Chr5:40456191`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B26,C11,C69
`Chr5:40456198`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:40456218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,D5
`Chr5:40456221`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A6,B5,C48
`Chr5:40456222`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	129	A13,A14,A15,A16,A18,A20,A23,A3,A5,A7,A9,B1,B10,B106,B108,B110,B111,B114,B119,B12,B120,B125,B126,B128,B130,B131,B133,B135,B136,B139,B14,B16,B19,B2,B23,B24,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B37,B38,B39,B44,B45,B47,B48,B50,B55,B57,B58,B60,B61,B62,B63,B64,B65,B67,B68,B69,B7,B70,B75,B76,B77,B78,B82,B83,B86,B89,B9,B91,B95,B96,C10,C12,C13,C14,C15,C18,C19,C2,C20,C25,C27,C28,C31,C32,C35,C39,C4,C41,C43,C46,C47,C49,C5,C50,C52,C53,C55,C57,C59,C6,C60,C61,C62,C63,C64,C68,C71,C72,C77,C78,C79,C8,C80,C83,D10,D11,D3,D4,D7,D9
`Chr5:40456226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	A13
`Chr5:40456226`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A13
`Chr5:40456229`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B37,B91,C54,C79
`Chr5:40456230`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C49
`Chr5:40456230`	`AGC`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C49
`Chr5:40456239`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B19,B77

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811688.1

1347 aa

674

1347

RVT_1

RVT_3

PF00078 RVT_1 486-646 aa PF13456 RVT_3 1143-1262 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811688.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	486	646	4.1e-22	79.7	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057811688.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	1143	1262	2.9e-18	66.7	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955705.1
ATGTCCCTTCTTGCACATTACTGCAGCATATATAGACCGTGTTTTCTTGGCATTCTTGAGCCCAAGTCTAGGTTCTCGGGGATTCCAAGTTCTTTTTGGCGTTCTTTACACCTTGTCCCGGTTCACCAGAATACTCGTGACAGACGTCGCTCCAATATCTGGGTTTTTGCTGATCCGTCTCTTGTTCCGACAGTGGTGTTCTCTTATGCTCAGGTGGTGGTCATCCGTTGCTCTCTTTTGGGGACTTTATGCACTCTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025925
ATGTCCCTTCTTGCACATTACTGCAGCATATATAGACCGTGTTTTCTTGGCATTCTTGAGCCCAAGTCTAGGTTCTCGGGGATTCCAAGTTCTTTTTGGCGTTCTTTACACCTTGTCCCGGTTCACCAGAATACTCGTGACAGACGTCGCTCCAATATCTGGGTTTTTGCTGATCCGTCTCTTGTTCCGACAGTGGTGTTCTCTTATGCTCAGGTGGTGGTCATCCGTTGCTCTCTTTTGGGGACTTTATGCACTCTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811688.1
MSLLAHYCSIYRPCFLGILEPKSRFSGIPSSFWRSLHLVPVHQNTRDRRRSNIWVFADPSLVPTVVFSYAQVVVIRCSLLGTLCTLAFTHASCNYVERRQLWLDMIPFIGGPSLMIGDFNAILGAHERRGRRVPASTPCDEFRAFIDDHDLIQPDTSGPFFTWTDRRRFPSPIESVLDRALFSQGFADIWYSSTSIVLPRLGSDHSPILLRCQDTANPPAERRFRFLNMWCSHEGFLDQVRASWTLPLDYLCPMVRVMKK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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