Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003169`

染色体: Chr05 坐标: 40498468-40499493 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003169`
名称	SmilChr05G003169
描述	uncharacterized SmilChr05G003169
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	40498468 - 40499493 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025926`
GeneID	`131025926`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025926`
原始查询	`SmilChr05G003169`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
产物	hit=Os03g0587600; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os03g0587600` - identity=42.6; qcov=0.168; evalue=2.84e-06; confidence=weak
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025926

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811690.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811690.1`
3	Cytoplasmic granule	细胞质颗粒	0.20000	`XP_057811690.1`
4	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	Cytoplasmic ribonucleoprotein granule	0.20000	`XP_057811690.1`
5	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057811690.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:40498555`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B134,B79
`Chr5:40498611`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,C62
`Chr5:40498612`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B137
`Chr5:40498615`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D10
`Chr5:40498625`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,C62
`Chr5:40498641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	A18,B73
`Chr5:40498641`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A18,B73
`Chr5:40498652`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr5:40498659`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr5:40498665`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr5:40498683`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A21
`Chr5:40498805`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A5,C60

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955707.1
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATTGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGTACGAACCTCAAAGAAAGGTTTGATCATCAAAAGACTGTCGTCCTTCCTAAAGCTCGTTACGAGTGGATGCATCTAAGACTGCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025926
ATGGCAAACATAGCCAAACTTGAGTTCATCGCCCTTGACATCTCGGGAGAAACTATCAAAGAAGGAAACAAAGCGTCCGACCAGGATTGCGCTAAGGCACTAATATTCCTTCGTCATCACCTTCATGATGACCTTAAGACAGAGTATCTGACTGTCAAAGATCCACAAGAATTGTGTACGAACCTCAAAGAAAGGTTTGATCATCAAAAGACTGTCGTCCTTCCTAAAGCTCGTTACGAGTGGATGCATCTAAGACTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811690.1
MANIAKLEFIALDISGETIKEGNKASDQDCAKALIFLRHHLHDDLKTEYLTVKDPQELCTNLKERFDHQKTVVLPKARYEWMHLRLQDFKSVSAYNSELFRIVSKLKLCGEKISDADMLEKTFSTFHASNVLLQQQYRERGFKKYSELISCLLVAEQNNELLLKNHELRPTGSAALPEVNATFNHDNGRGRGNQRGRGRGRGRGYRYGRGHGRGKPHDATSSNKKHKASNEHNSYKKEGECQRCGMTGHWARTCRTAKHL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器