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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003184

染色体: Chr05 坐标: 40755127-40756006 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003184
名称SmilChr05G003184
描述uncharacterized SmilChr05G003184
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向40755127 - 40756006 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025932
GeneID131025932
locus_tag-
NCBI NameLOC131025932
原始查询SmilChr05G003184

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025932

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811694.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057811694.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057811694.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811694.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811694.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:40755139 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C45
Chr5:40755179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B52,B75,C29,C35,C7
Chr5:40755196 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B13,B4,C76,D4
Chr5:40755198 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B93,D11
Chr5:40755199 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B10,B13,B4,C76,D4
Chr5:40755200 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B102
Chr5:40755200 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B102
Chr5:40755227 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 86 A1,A10,A11,A14,A15,A18,A20,A3,A7,A9,B100,B102,B103,B105,B109,B114,B117,B120,B123,B127,B130,B132,B136,B14,B15,B28,B30,B31,B32,B34,B41,B44,B45,B51,B54,B58,B59,B60,B63,B65,B66,B70,B71,B72,B73,B79,B8,B82,B83,B85,B86,B9,B90,B91,B92,B93,B95,C12,C13,C14,C15,C18,C20,C21,C30,C33,C34,C37,C39,C41,C49,C50,C52,C54,C57,C6,C70,C77,C83,C84,D10,D11,D2,D7,D8,D9
Chr5:40755241 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:40755248 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 3 B102,B93,D11
Chr5:40755248 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B93,D11
Chr5:40755259 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955711.1
ATGGCTCTGGACGCTACCTTGAAACCGCGGGGTAATCCACTCTTTAGTTTTACTGGAGAATCTATTTTGCCGCTGGGTTCTTTAGAGCTACCCATGACATGGGGAAAGGAAAGGGCCTCGTGGACTCGCATCCTTAAATTCTTGTTAGTGGACTTCCCGAAACCAAGTTACAATATCATCATCGGGCGGCCAGCGCTGAACGCCTTCCAAGCCGTGATCTCCATGTACCACCTAAAGATTAAATTCCCGCTTGAAAATGG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025932
ATGGCTCTGGACGCTACCTTGAAACCGCGGGGTAATCCACTCTTTAGTTTTACTGGAGAATCTATTTTGCCGCTGGGTTCTTTAGAGCTACCCATGACATGGGGAAAGGAAAGGGCCTCGTGGACTCGCATCCTTAAATTCTTGTTAGTGGACTTCCCGAAACCAAGTTACAATATCATCATCGGGCGGCCAGCGCTGAACGCCTTCCAAGCCGTGATCTCCATGTACCACCTAAAGATTAAATTCCCGCTTGAAAATGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811694.1
MALDATLKPRGNPLFSFTGESILPLGSLELPMTWGKERASWTRILKFLLVDFPKPSYNIIIGRPALNAFQAVISMYHLKIKFPLENGRVRESNHIKECFVKSLTTQVENKRTQSFQGGPAKKVARRERSSGNTAERAEIEEIGRSPDKQPLISTDDRCMLVELFLGKTEIDRTLAEHRLNIDSTKKPVIQKTRHFGPEKDAAIRERVKALLQAGHIVEVQYPVWLSNAVMVEKKKKKWRMCVDYRDLNAACPNDC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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