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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003194

染色体: Chr05 坐标: 40828804-40831680 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003194
名称SmilChr05G003194
描述uncharacterized SmilChr05G003194
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向40828804 - 40831680 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025935
GeneID131025935
locus_tag-
NCBI NameLOC131025935
原始查询SmilChr05G003194

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=weak
产物hit=ATMG00310; species=arabidopsis; confidence=weak
ArabidopsisATMG00310
-
identity=42.2; qcov=0.188; evalue=7.19e-37; confidence=weak
RiceOs10g0351414
-
identity=28.9; qcov=0.429; evalue=7.73e-37; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025935

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811697.1
2 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057811697.1
3 Nucleus 细胞核 0.40000 XP_057811697.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811697.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811697.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:40828818 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 62 A10,A15,A4,A7,A8,A9,B104,B108,B112,B117,B12,B122,B132,B133,B134,B140,B2,B21,B29,B3,B31,B36,B42,B48,B53,B57,B62,B63,B66,B67,B73,B74,B77,B78,B8,B83,B84,B88,B90,B96,B99,C13,C16,C34,C36,C39,C42,C51,C53,C56,C59,C62,C63,C65,C66,C67,C74,D1,D2,D6,D7,D8
Chr5:40828916 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr5:40828995 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C39,C83,D6
Chr5:40829007 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr5:40829029 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B137,B42,B43
Chr5:40829030 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B75,C35
Chr5:40829030 TA T 1bp_deletion CDS_variant 2 B75,C35
Chr5:40829061 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A18
Chr5:40829085 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,B44,B45,C54
Chr5:40829131 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B42,B43
Chr5:40829195 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B32
Chr5:40829213 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C20

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955714.1
ATGGAAACCAAACTTACTGCTGTGGATTGGCAACCTATTTTGAATGCTACAGGTTTCAACAATTATGTGGCATTTGACTGTGTCTGCTCTGATCGAGGCCGAAGTGGCGGGCTGTGTCTCATTTGGATGGATGATTTGAAGGTTACTTTGAAATCCTCATCTGAGCATCATATCTTGGAAACTATAGAGGATGATATTCATGATGCATGGGACTTTTGCGGTATCTATGGGTGGAGCAAAACTGACGAGCACGTGCTCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025935
ATGGAAACCAAACTTACTGCTGTGGATTGGCAACCTATTTTGAATGCTACAGGTTTCAACAATTATGTGGCATTTGACTGTGTCTGCTCTGATCGAGGCCGAAGTGGCGGGCTGTGTCTCATTTGGATGGATGATTTGAAGGTTACTTTGAAATCCTCATCTGAGCATCATATCTTGGAAACTATAGAGGATGATATTCATGATGCATGGGACTTTTGCGGTATCTATGGGTGGAGCAAAACTGACGAGCACGTGCTCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811697.1
METKLTAVDWQPILNATGFNNYVAFDCVCSDRGRSGGLCLIWMDDLKVTLKSSSEHHILETIEDDIHDAWDFCGIYGWSKTDEHVLMWNLMRDVLSDVNSKWICVGDFNETMYHFEKRGGNLKTDLRLELFRSTVESCNLIDLGFSGDPFTWSNNQRGADNIMERLDRIFGSSEWMSLYPGFEVTHLLRKASDHCHLLLSLETSSEKMQNRPKPFRFEAMWLRNESCKELCEKMWQSGLGSRSVSDLKQKIEDMGRELKI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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