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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003203

染色体: Chr05 坐标: 40954837-40963017 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003203
名称SmilChr05G003203
描述SUPPRESSOR OF ABI3-5
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向40954837 - 40963017 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024450
GeneID131024450
locus_tag-
NCBI NameLOC131024450
原始查询SmilChr05G003203

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SUPPRESSOR OF ABI3-5
产物SUPPRESSOR OF ABI3-5
ArabidopsisAT3G54230 (SUA)
suppressor of abi3-5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:824590]
identity=59.6; qcov=0.993; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0167500
-
identity=56.7; qcov=1.09; evalue=0; confidence=high
GOGO:0000398 (mRNA splicing, via spliceosome); GO:0003723 (RNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF00076 (RRM_1); PF01585 (G-patch); PF12656 (G-patch_2); PF17780 (OCRE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024450

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057809939.1
2 Nucleoplasm 核质 0.80000 XP_057809939.1
3 Nuclear speckle 核斑点 0.60000 XP_057809944.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809939.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057809939.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:40955118 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr5:40955190 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:40955525 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B75
Chr5:40955525 AG A 1bp_deletion CDS_variant 1 B75
Chr5:40955627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B139,C4
Chr5:40956211 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B131,B46,B53
Chr5:40956270 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr5:40956414 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr5:40956786 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C6,C83
Chr5:40959384 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B5
Chr5:40960373 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B127,D2
Chr5:40960729 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809939.1
1021 aa
N
1
510
1021
RRM_1
RRM_1
OCRE
G-patch
G-patch_2
C
PF00076 RRM_1 250-311 aa PF00076 RRM_1 411-477 aa PF17780 OCRE 556-605 aa PF01585 G-patch 945-987 aa PF12656 G-patch_2 945-989 aa
XP_057809940.1
1021 aa
N
1
510
1021
RRM_1
RRM_1
OCRE
G-patch
G-patch_2
C
PF00076 RRM_1 250-311 aa PF00076 RRM_1 411-477 aa PF17780 OCRE 556-605 aa PF01585 G-patch 945-987 aa PF12656 G-patch_2 945-989 aa
XP_057809941.1
1020 aa
N
1
510
1020
RRM_1
RRM_1
OCRE
G-patch
G-patch_2
C
PF00076 RRM_1 250-311 aa PF00076 RRM_1 410-476 aa PF17780 OCRE 555-604 aa PF01585 G-patch 944-986 aa PF12656 G-patch_2 944-988 aa
XP_057809942.1
1020 aa
N
1
510
1020
RRM_1
RRM_1
OCRE
G-patch
G-patch_2
C
PF00076 RRM_1 250-311 aa PF00076 RRM_1 410-476 aa PF17780 OCRE 555-604 aa PF01585 G-patch 944-986 aa PF12656 G-patch_2 944-988 aa
XP_057809943.1
1017 aa
N
1
508
1017
RRM_1
RRM_1
OCRE
G-patch
G-patch_2
C
PF00076 RRM_1 246-307 aa PF00076 RRM_1 407-473 aa PF17780 OCRE 552-601 aa PF01585 G-patch 941-983 aa PF12656 G-patch_2 941-985 aa
XP_057809944.1
962 aa
N
1
481
962
RRM_1
RRM_1
OCRE
C
PF00076 RRM_1 246-307 aa PF00076 RRM_1 406-472 aa PF17780 OCRE 551-600 aa
XP_057809945.1
951 aa
N
1
476
951
RRM_1
RRM_1
OCRE
G-patch
G-patch_2
C
PF00076 RRM_1 180-241 aa PF00076 RRM_1 341-407 aa PF17780 OCRE 486-535 aa PF01585 G-patch 875-917 aa PF12656 G-patch_2 875-919 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809939.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 250 311 1.5e-32 111.9 RNA recognition motif
XP_057809939.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 411 477 1.5e-32 111.9 RNA recognition motif
XP_057809939.1 Pfam PF17780 OCRE Domain 556 605 3.2e-18 66.2 OCRE domain
XP_057809939.1 Pfam PF01585 G-patch Family 945 987 2e-15 57.1 G-patch domain
XP_057809939.1 Pfam PF12656 G-patch_2 Domain 945 989 1.3e-07 32.2 G-patch domain
XP_057809940.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 250 311 1.5e-32 111.9 RNA recognition motif
XP_057809940.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 411 477 1.5e-32 111.9 RNA recognition motif
XP_057809940.1 Pfam PF17780 OCRE Domain 556 605 3.2e-18 66.2 OCRE domain
XP_057809940.1 Pfam PF01585 G-patch Family 945 987 2e-15 57.1 G-patch domain
XP_057809940.1 Pfam PF12656 G-patch_2 Domain 945 989 1.3e-07 32.2 G-patch domain
XP_057809941.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 250 311 1.5e-32 112.0 RNA recognition motif
XP_057809941.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 410 476 1.5e-32 112.0 RNA recognition motif
XP_057809941.1 Pfam PF17780 OCRE Domain 555 604 3.2e-18 66.2 OCRE domain
XP_057809941.1 Pfam PF01585 G-patch Family 944 986 2e-15 57.1 G-patch domain
XP_057809941.1 Pfam PF12656 G-patch_2 Domain 944 988 1.3e-07 32.2 G-patch domain
XP_057809942.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 250 311 1.5e-32 112.0 RNA recognition motif
XP_057809942.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 410 476 1.5e-32 112.0 RNA recognition motif
XP_057809942.1 Pfam PF17780 OCRE Domain 555 604 3.2e-18 66.2 OCRE domain
XP_057809942.1 Pfam PF01585 G-patch Family 944 986 2e-15 57.1 G-patch domain
XP_057809942.1 Pfam PF12656 G-patch_2 Domain 944 988 1.3e-07 32.2 G-patch domain
XP_057809943.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 246 307 1.5e-32 112.0 RNA recognition motif
XP_057809943.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 407 473 1.5e-32 112.0 RNA recognition motif
XP_057809943.1 Pfam PF17780 OCRE Domain 552 601 3.2e-18 66.2 OCRE domain
XP_057809943.1 Pfam PF01585 G-patch Family 941 983 2e-15 57.1 G-patch domain
XP_057809943.1 Pfam PF12656 G-patch_2 Domain 941 985 1.3e-07 32.3 G-patch domain
XP_057809944.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 246 307 1.3e-32 112.2 RNA recognition motif
XP_057809944.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 406 472 1.3e-32 112.2 RNA recognition motif
XP_057809944.1 Pfam PF17780 OCRE Domain 551 600 3e-18 66.3 OCRE domain
XP_057809945.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 180 241 1.2e-32 112.3 RNA recognition motif
XP_057809945.1 Pfam PF00076 RRM_1 Domain 341 407 1.2e-32 112.3 RNA recognition motif
XP_057809945.1 Pfam PF17780 OCRE Domain 486 535 3.2e-18 66.2 OCRE domain
XP_057809945.1 Pfam PF01585 G-patch Family 875 917 1.8e-15 57.3 G-patch domain
XP_057809945.1 Pfam PF12656 G-patch_2 Domain 875 919 1.2e-07 32.4 G-patch domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

7 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953959.1
AATGTCTGGTAAATCCCGCACGGCCACACCCAGATCCCCAATTCTAGACATTGAAACCCAAACCCACACTCCGCCTCTGCGCCTCCCTCTCTCCCCCTCCTCCGCCGCCGCCTCTCTCAAACCCTCGCTACGCCTATGTGACTTCATCTCCGTTTCTGTCATCGACTTTCTCTTTTTCACATCATAATACACGCCGTCGCCCTTCGAGCTTTGAACGATTTCTTCTTCCGCGATTCACGTTTCTGAGTCGTCGACTCCGA...
XM_057953957.1
AATGTCTGGTAAATCCCGCACGGCCACACCCAGATCCCCAATTCTAGACATTGAAACCCAAACCCACACTCCGCCTCTGCGCCTCCCTCTCTCCCCCTCCTCCGCCGCCGCCTCTCTCAAACCCTCGCTACGCCTATGTGACTTCATCTCCGTTTCTGTCATCGACTTTCTCTTTTTCACATCATAATACACGCCGTCGCCCTTCGAGCTTTGAACGATTTCTTCTTCCGCGATTCACGTTTCTGAGTCGTCGACTCCGA...

CDS

7 records

下载 CDS FASTA
LOC131024450
ATGGACCCTGGACGCTATGGTCTTCATCAAGGATGGGAAAATAACAGCGCTTTGGAGGGGTATGGTGCAGTTCATGATACAAATTTTCGGCCTGCTAGATATGGTGGCCGTGATCGGGAGGATTATGGCTATGATGATTATGACTACAGATCTCGTGCTTCTCATCAAAGCAAGGATGACAGCCGTGAAAGGGATTATGATCATGGAAGACACAGTTATGATTCTGACTATGAAAGGGGTGGTAGAAGAGATGGTAACTG...
LOC131024450
ATGGACCCTGGACGCTATGGTCTTCATCAAGGATGGGAAAATAACAGCGCTTTGGAGGGGTATGGTGCAGTTCATGATACAAATTTTCGGGATGATGGATCATATGATGATAGGAGGTTTATAGATGAAAGGTTCTCAAGGGAAAATGTCTACCCAAGGGGTGCCTTTCATCGAGATGTACTGGAGAGGGATAATTATCCTCCACCGCCATCATCAGTTGGGATGTGGCCTCAAACGAGGAGGAGAAGCTATGAAGAAGA...

Protein

7 records

下载 Protein FASTA
XP_057809939.1
MDPGRYGLHQGWENNSALEGYGAVHDTNFRDDGSYDDRRFIDERFSRENVYPRGAFHRDVLERDNYPPPPSSVGMWPQTRRRSYEEEYSFDRDIRRHEKPPARYGGRDREDYGYDDYDYRSRASHQSKDDSRERDYDHGRHSYDSDYERGGRRDGNWRRRESRDREWDKRGVSRERDESPYRRHEHSPSRSRSRGRDDRARSKSPRGRSHGRSYREDSYEDSRYDRSDRRRDREDRRQHNHYSVAPSATVVVKGLSQKTT...
XP_057809940.1
MDPGRYGLHQGWENNSALEGYGAVHDTNFRDDGSYDDRRFIDERFSRENVYPRGAFHRDVLERDNYPPPPSSVGMWPQTRRRSYEEEYSFDRDIRRHEKPPARYGGRDREDYGYDDYDYRSRASHQSKDDSRERDYDHGRHSYDSDYERGGRRDGNWRRRESRDREWDKRGVSRERDESPYRRHEHSPSRSRSRGRDDRARSKSPRGRSHGRSYREDSYEDSRYDRSDRRRDREDRRQHNHYSVAPSATVVVKGLSQKTT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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