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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003204

染色体: Chr05 坐标: 41015540-41020617 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003204
名称SmilChr05G003204
描述uncharacterized SmilChr05G003204
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向41015540 - 41020617 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025937
GeneID131025937
locus_tag-
NCBI NameLOC131025937
原始查询SmilChr05G003204

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025937

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.40000 XP_057811698.1
2 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.40000 XP_057811698.1
3 Acrosome Acrosome 0.40000 XP_057811698.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057811698.1
5 Mitochondrion 线粒体 0.20000 XP_057811698.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:41015544 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 8 B38,B82,B84,C37,C59,C74,D7,D8
Chr5:41015550 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 11 B110,B125,B5,B56,B78,B82,B90,B91,B96,C22,C47
Chr5:41015564 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 5 B23,B63,C19,C32,C40
Chr5:41015564 TC T 1bp_deletion CDS_variant 5 B23,B63,C19,C32,C40
Chr5:41015605 G GTC 2bp_insertion frameshift_variant 11 B108,B117,B123,B13,B31,B92,C47,C5,C53,C66,C82
Chr5:41015634 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B125,B140,B98,C39
Chr5:41015639 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C57
Chr5:41015653 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 12 B125,B129,B131,B17,B38,B39,B6,C37,C63,C70,C82,D1
Chr5:41015665 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:41015672 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91
Chr5:41018362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C25,C38
Chr5:41018363 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 55 A11,A16,A2,A20,A21,A3,A9,B105,B106,B118,B12,B128,B131,B137,B22,B26,B28,B29,B30,B33,B40,B55,B68,B7,B75,B78,B83,B84,B88,B90,B92,B98,C10,C13,C15,C2,C22,C33,C39,C4,C5,C50,C55,C6,C60,C61,C63,C71,C72,C78,C80,C82,D1,D4,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955715.1
ATGGCGTATTGGATTTATGAAGTTTCTGCTCTGGCCGTATCAACTCTGGTATTCTCCTCTGCTCTGGCGGCCTTCTCTGCTCTGGCTGCCAAGTCAGAGCTGATTCTCTTCTCTACTCTGGCCATCGTGCCAGAGCTGTCATCCTCGAAGAACAGCTGCAAAGGAGTGTTTGCAGAGGACAGAGCAGGCGACTCTGAGTCTGACTCTGCCAGAACTGACGGGGACTACTCTGACTCTGACCTTCCAGAGCAGAGCGTAGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025937
ATGGCGTATTGGATTTATGAAGTTTCTGCTCTGGCCGTATCAACTCTGGTATTCTCCTCTGCTCTGGCGGCCTTCTCTGCTCTGGCTGCCAAGTCAGAGCTGATTCTCTTCTCTACTCTGGCCATCGTGCCAGAGCTGTCATCCTCGAAGAACAGCTGCAAAGGAGTGTTTGCAGAGGACAGAGCAGGCGACTCTGAGTCTGACTCTGCCAGAACTGACGGGGACTACTCTGACTCTGACCTTCCAGAGCAGAGCGTAGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811698.1
MAYWIYEVSALAVSTLVFSSALAAFSALAAKSELILFSTLAIVPELSSSKNSCKGVFAEDRAGDSESDSARTDGDYSDSDLPEQSVEEKGPELPANSDSESSEQTTKTEEGSSDHTEQTTDTAEHIVETKEDESGRIIADLRTRADQNASSAGSSSADSSSAYASSALASSEQTSSTLPSSALPSSALLSSEKACHTELPLDEQVGARKPAQELKEPPDNLKHVFLEENKEKPRFRSAELSREKDGMLLKDVFEPGAAEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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