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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003213

染色体: Chr05 坐标: 41202362-41213340 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003213
名称SmilChr05G003213
描述phosphoenolpyruvate carboxylase 4
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向41202362 - 41213340 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024455
GeneID131024455
locus_tag-
NCBI NameLOC131024455
原始查询SmilChr05G003213

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述phosphoenolpyruvate carboxylase 4
产物phosphoenolpyruvate carboxylase 4
ArabidopsisAT1G68750 (PPC4)
phosphoenolpyruvate carboxylase 4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843206]
identity=74.7; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0110700 (Osppc-b)
-
identity=72.6; qcov=1.01; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005829 (cytosol); GO:0006099 (tricarboxylic acid cycle); GO:0008964 (phosphoenolpyruvate carboxylase activity); GO:0015977 (carbon fixation)
KEGGsmil00620 (Pyruvate metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil00710 (Carbon fixation by Calvin cycle - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01200 (Carbon metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00311 (PEPcase)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024455

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 0.80000 XP_057809947.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.60000 XP_057809947.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.40000 XP_057809947.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057809947.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057809947.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:41202730 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:41203282 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B109,B65
Chr5:41203338 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C70
Chr5:41204208 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C7
Chr5:41204208 AC A 1bp_deletion CDS_variant 1 C7
Chr5:41205188 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C36
Chr5:41205219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,C36,C37
Chr5:41205225 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A16,B90,C36,C37
Chr5:41205233 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A16,A19,B90,C36,C37
Chr5:41205431 TCA T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C28
Chr5:41205431 TCA T 2bp_deletion CDS_variant 1 C28
Chr5:41205438 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 8 A1,B35,B92,B96,C52,C86,D3,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809947.1
1062 aa
N
1
531
1062
PEPcase
PEPcase
C
PF00311 PEPcase 18-339 aa PF00311 PEPcase 469-1062 aa
XP_057809948.1
1061 aa
N
1
530
1061
PEPcase
PEPcase
C
PF00311 PEPcase 18-340 aa PF00311 PEPcase 468-1061 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809947.1 Pfam PF00311 PEPcase Family 18 339 0 1056.5 Phosphoenolpyruvate carboxylase
XP_057809947.1 Pfam PF00311 PEPcase Family 469 1062 0 1056.5 Phosphoenolpyruvate carboxylase
XP_057809948.1 Pfam PF00311 PEPcase Family 18 340 0 1056.6 Phosphoenolpyruvate carboxylase
XP_057809948.1 Pfam PF00311 PEPcase Family 468 1061 0 1056.6 Phosphoenolpyruvate carboxylase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953965.1
TTACTCCCCGCCAACAGTAACACAGACACCTCACACTTTCTTCAGTCTTCACACACAACACACACTACTCTCACTGCTCTGCTCTGATTTTTTTCTCCCCGCACTCATCTAGAGCTTCGATTTACGCCGGAGAAGAAAACATGACGGACATTACGGATGATATAGCGGAGGAGATATCGTTTCAGGGGTTTGAAGATGACTGCAGATTACTTGGAAACCTGCTCAATGATGTTCTCCAACGCGAATTAGGGCCTGAGTTC...
XM_057953964.1
TTACTCCCCGCCAACAGTAACACAGACACCTCACACTTTCTTCAGTCTTCACACACAACACACACTACTCTCACTGCTCTGCTCTGATTTTTTTCTCCCCGCACTCATCTAGAGCTTCGATTTACGCCGGAGAAGAAAACATGACGGACATTACGGATGATATAGCGGAGGAGATATCGTTTCAGGGGTTTGAAGATGACTGCAGATTACTTGGAAACCTGCTCAATGATGTTCTCCAACGCGAATTAGGGCCTGAGTTC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131024455
ATGACGGACATTACGGATGATATAGCGGAGGAGATATCGTTTCAGGGGTTTGAAGATGACTGCAGATTACTTGGAAACCTGCTCAATGATGTTCTCCAACGCGAATTAGGGCCTGAGTTCATGGAGAAACTCGAACGAACCAGAGTTCTCGCACAGAGTGCATGCAACATGAGGATGGCAGGAATTGAGGACACAGCAGAGCTTCTTGAGAAGCAATTGGCTGCAGAGCTGTCTAAGATGACACTTGAGGAAGCCCTATC...
LOC131024455
ATGACGGACATTACGGATGATATAGCGGAGGAGATATCGTTTCAGGGGTTTGAAGATGACTGCAGATTACTTGGAAACCTGCTCAATGATGTTCTCCAACGCGAATTAGGGCCTGAGTTCATGGAGAAACTCGAACGAACCAGAGTTCTCGCACAGAGTGCATGCAACATGAGGATGGCAGGAATTGAGGACACAGCAGAGCTTCTTGAGAAGCAATTGGCTGCAGAGCTGTCTAAGATGACACTTGAGGAAGCCCTATC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057809947.1
MTDITDDIAEEISFQGFEDDCRLLGNLLNDVLQRELGPEFMEKLERTRVLAQSACNMRMAGIEDTAELLEKQLAAELSKMTLEEALSLARAFSHYLNLTGIAETHHRVTKARGSTNLSKSCDDVLNQLVQGGISPADLYDTVCKQEVEIVLTAHPTQINRRTLQYKHIKIAHLLEYNDRPDLGHEDREMLIEDLVRELASIWQTDELRRHKPTPVDEARAGLNIVEQSLWRAVPHYLRRLSNALKKHTGKPLPLTCTPIK...
XP_057809948.1
MTDITDDIAEEISFQGFEDDCRLLGNLLNDVLQRELGPEFMEKLERTRVLAQSACNMRMAGIEDTAELLEKQLAAELSKMTLEEALSLARAFSHYLNLTGIAETHHRVTKARGSTNLSKSCDDVLNQLVQGGISPADLYDTVCKQEVEIVLTAHPTQINRRTLQYKHIKIAHLLEYNDRPDLGHEDREMLIEDLVRELASIWQTDELRRHKPTPVDEARAGLNIVEQSLWRAVPHYLRRLSNALKKHTGKPLPLTCTPIK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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