同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度/序列长度;置信度是规则分级,不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及有 accession 序列支持的文献基因名查询;未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003228

染色体: Chr05 坐标: 41424893-41426424 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003228
名称SmilChr05G003228
描述cytochrome P450 CYP749A22-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向41424893 - 41426424 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024468
GeneID131024468
locus_tag-
NCBI NameLOC131024468
原始查询SmilChr05G003228

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 CYP749A22-like
产物cytochrome P450 CYP749A22-like
ArabidopsisAT3G14630 (CYP72A9)
cytochrome P450, family 72, subfamily A, polypeptide 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820691]
identity=44.44; qcov=0.635; evalue=8.92e-70; confidence=medium
RiceOs01g0627800
-
identity=43.83; qcov=0.627; evalue=8.05e-72; confidence=medium
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024468

打开注释模块

非零投票定位候选(最多五项)

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057809960.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 1.00000 XP_057809960.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:41425108 CAT C 2bp_deletion frameshift_variant 39 A25,B1,B10,B101,B102,B107,B115,B117,B121,B13,B16,B31,B32,B4,B41,B46,B48,B54,B55,B58,B6,B68,B75,B89,C24,C26,C28,C3,C36,C39,C50,C56,C67,C76,C85,C87,D10,D11,D4
Chr5:41425175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B122,B99,C35
Chr5:41425192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B122,B99,C35
Chr5:41425219 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 3 A10,B50,C83
Chr5:41425219 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A10,B50,C83
Chr5:41425237 T TG 1bp_insertion frameshift_variant 6 B112,B36,B59,B66,B76,B89
Chr5:41425251 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr5:41425260 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:41425370 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 43 A25,B10,B101,B102,B107,B115,B117,B121,B13,B16,B31,B32,B4,B40,B41,B46,B48,B54,B55,B58,B68,B75,B83,B89,B94,C15,C24,C26,C28,C3,C36,C39,C50,C52,C56,C67,C76,C84,C85,C87,D10,D11,D4
Chr5:41425383 G GTA 2bp_insertion frameshift_variant 5 A2,C60,C62,C82,D3
Chr5:41425383 G GTA 2bp_insertion CDS_variant 5 A2,C60,C62,C82,D3
Chr5:41425553 CTG C 2bp_deletion frameshift_variant 38 A11,A25,B1,B101,B102,B107,B115,B117,B121,B16,B31,B32,B41,B44,B46,B48,B54,B55,B58,B6,B68,B75,B89,B94,C24,C26,C28,C3,C36,C39,C54,C56,C67,C85,C87,D10,D11,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809960.1
397 aa
N
1
198
397
p450
C
PF00067 p450 145-372 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057809960.1 Pfam PF00067 p450 Domain 145 372 5.7e-48 164.5 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057953977.1
CAAAAGGGGTACTGAATTTTTTACTTCCATTCTGGCTTGTTCATCCATCTAAACAACTTTCAGTTTTGCATAGCTTCAATCTTCAACATCAACAAAATAGTGAATTTTGAGACTCTATTTGGTCAACCCCATGATTCTCCTTTTAGCTCTTACTGTGTTCTTTATACTGTTAGCAGTTCCTTCAGTCATTCTTTACAAACTATGGTGGATTCCTCTTCGTCTTCGACGTGTAATGGAGTATCAAGGGATCAGAGGCCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024468
ATGATTCTCCTTTTAGCTCTTACTGTGTTCTTTATACTGTTAGCAGTTCCTTCAGTCATTCTTTACAAACTATGGTGGATTCCTCTTCGTCTTCGACGTGTAATGGAGTATCAAGGGATCAGAGGCCCCTCTTACAAATTCCTCCATGGAAACACCAAAGAGATTGTCAAGATGAAGCAGCAAACCAGTAGAACTGTCATGGATTTATCTCATGATATATTTCCAAGAATTCAGCCACATTTTTATTCTTGGATCAAATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057809960.1
MILLLALTVFFILLAVPSVILYKLWWIPLRLRRVMEYQGIRGPSYKFLHGNTKEIVKMKQQTSRTVMDLSHDIFPRIQPHFYSWIKLYGDNFLTWIGTEPQLVVTQPGLVKEILTNREGAFPKVESQGNLRKLFGDGIVVAEGEEVVEAXEDEVRKGEADSSGSDFLGSLLKVHHDTDERNQISAAEIVDECKTFYFAGQEATYSLISWSMLLLAIHTDWKERAQKEVLELFGEDNPNSDSLPRIKTINMIIYETLRLYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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