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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003246

染色体: Chr05 坐标: 41842576-41843049 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003246
名称SmilChr05G003246
描述uncharacterized SmilChr05G003246
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向41842576 - 41843049 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025947
GeneID131025947
locus_tag-
NCBI NameLOC131025947
原始查询SmilChr05G003246

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025947

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811709.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057811709.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811709.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811709.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811709.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:41842587 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A16,B62,C44
Chr5:41842593 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B26,C47,C68,D8
Chr5:41842600 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B25,C80
Chr5:41842601 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B82
Chr5:41842607 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B7
Chr5:41842646 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 61 A23,A24,A25,A6,B1,B110,B120,B125,B16,B2,B23,B26,B3,B34,B36,B45,B49,B50,B54,B55,B60,B63,B64,B66,B69,B78,B8,B85,B88,B89,B94,B97,C1,C10,C17,C19,C2,C22,C23,C27,C28,C29,C34,C37,C41,C45,C46,C50,C51,C52,C53,C55,C56,C6,C63,C69,C74,C78,C79,C81,C85
Chr5:41842683 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C29
Chr5:41842690 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 7 A21,B10,B8,B88,C22,C48,D11
Chr5:41842710 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B26,B58,C43,C45
Chr5:41842723 CTA C 2bp_deletion frameshift_variant 8 A10,A20,A5,B107,B33,C52,C71,D4
Chr5:41842747 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B24,D6
Chr5:41842774 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 40 A10,A11,A16,A18,B10,B115,B117,B118,B12,B124,B128,B19,B23,B24,B25,B36,B4,B42,B51,B52,B8,B83,B89,B98,C10,C20,C24,C3,C34,C42,C43,C46,C48,C59,C60,C69,C84,D2,D3,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955726.1
ATGAGTCCGTACCGCCTCGTTTATGGCAAGGCTTGCCATCTGCCGGTGGAGATTGAGCACAAAGCATACTGGGCAATCAAGGCTGCCAATTATGATTTGGACTCTGCCGTGAAGCAGCGCACGCTGCAAATGGAGGAGTTGGATGAACTATACAATGAGGTGTATGAGAATGCAAGGATTTATAAGGACAAAGTGAAGCGACTGCATGATTGCCGCATTTTCCACAAGAAGCTCTACCCCAGAATGAAGGTGCTATTGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025947
ATGAGTCCGTACCGCCTCGTTTATGGCAAGGCTTGCCATCTGCCGGTGGAGATTGAGCACAAAGCATACTGGGCAATCAAGGCTGCCAATTATGATTTGGACTCTGCCGTGAAGCAGCGCACGCTGCAAATGGAGGAGTTGGATGAACTATACAATGAGGTGTATGAGAATGCAAGGATTTATAAGGACAAAGTGAAGCGACTGCATGATTGCCGCATTTTCCACAAGAAGCTCTACCCCAGAATGAAGGTGCTATTGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811709.1
MSPYRLVYGKACHLPVEIEHKAYWAIKAANYDLDSAVKQRTLQMEELDELYNEVYENARIYKDKVKRLHDCRIFHKKLYPRMKVLLFNSRLKLFPGKLKSRWSGPFLLKEVFEHGAIELFNENTKESFRVNGHRVKPYYEHQSPPMVVESQALHNPG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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