当前解析结果
SmilChr05G003275| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003275 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003275 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003275 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 42564961 - 42565557 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025957 |
|---|---|
| GeneID | 131025957 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025957 |
| 原始查询 | SmilChr05G003275 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | confidence=no_hit |
| 产物 | confidence=no_hit |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | -- |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | - |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025957 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057811718.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057811718.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811718.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811718.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057811718.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:42564994 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B72,C41,D4 |
Chr5:42565019 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | A3,C29,C38,C7,D2 |
Chr5:42565043 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 56 | A2,A25,B104,B105,B109,B11,B112,B122,B140,B16,B20,B21,B27,B3,B35,B44,B47,B50,B55,B57,B6,B62,B64,B68,B69,B73,B78,B85,B89,B94,B97,C10,C2,C27,C28,C31,C35,C39,C45,C46,C48,C50,C51,C53,C56,C58,C60,C62,C63,C65,C74,C81,C82,C85,D1,D8 |
Chr5:42565056 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B121,B80 |
Chr5:42565096 |
GT |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B13 |
Chr5:42565096 |
GT |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr5:42565137 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr5:42565148 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 3 | A2,C60,C82 |
Chr5:42565148 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,C60,C82 |
Chr5:42565149 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 103 | A1,A13,A14,A15,A16,A19,A21,A24,A4,A8,B1,B100,B102,B103,B105,B106,B107,B109,B111,B114,B115,B12,B122,B126,B127,B129,B13,B130,B132,B133,B134,B138,B139,B14,B140,B16,B17,B19,B22,B26,B27,B30,B32,B33,B34,B35,B4,B40,B44,B45,B46,B47,B48,B50,B53,B55,B58,B7,B73,B74,B77,B78,B80,B84,B85,B88,B9,B93,B99,C1,C13,C16,C17,C19,C2,C21,C22,C24,C27,C28,C29,C30,C31,C33,C39,C4,C46,C49,C50,C58,C59,C61,C62,C64,C73,C74,C75,C77,C80,D1,D10,D3,D9 |
Chr5:42565155 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B55,B67,C1,C18 |
Chr5:42565167 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B55,C1 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。