Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003280`

染色体: Chr05 坐标: 42728929-42732762 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003280`
名称	SmilChr05G003280
描述	serine/threonine-protein kinase STN7, chloroplastic
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	42728929 - 42732762 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024635`
GeneID	`131024635`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024635`
原始查询	`SmilChr05G003280`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	serine/threonine-protein kinase STN7, chloroplastic
产物	serine/threonine-protein kinase STN7%2C chloroplastic
Arabidopsis	`AT1G68830` (STN7) Serine/Threonine kinase domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:843215] identity=78.1; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0549100` (OsSTN7) - identity=77.9; qcov=0.901; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG	-
Pfam	PF00069 (Pkinase); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024635

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057810124.1`
2	Chloroplast thylakoid	类囊体	1.00000	`XP_057810124.1`
3	Chloroplast stroma	叶绿体基质	0.60000	`XP_057810124.1`
4	Chloroplast membrane	叶绿体膜	0.40000	`XP_057810124.1`
5	Chloroplast thylakoid membrane	类囊体膜	0.20000	`XP_057810124.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:42729122`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B131,B4,B46,B53,D4
`Chr5:42729218`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B38,B39,B75,C35
`Chr5:42729338`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B75,C35
`Chr5:42729347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B83,C15,C52,C84
`Chr5:42729398`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B10
`Chr5:42729440`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B10,C76,D11
`Chr5:42729441`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B44,C42
`Chr5:42729470`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B83,C15,C52,C84
`Chr5:42730039`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B10,C76
`Chr5:42730407`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:42731907`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:42732247`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810124.1

578 aa

289

578

PK_Tyr_Ser-Thr

Pkinase

PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 151-343 aa PF00069 Pkinase 153-343 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810124.1`	Pfam	`PF07714`	PK_Tyr_Ser-Thr	Domain	151	343	4.1e-11	43.4	Protein tyrosine and serine/threonine kinase
`XP_057810124.1`	Pfam	`PF00069`	Pkinase	Domain	153	343	3.4e-23	83.1	Protein kinase domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954141.1
CAATATCACCTTCCCATCCCACGACACCCCTTTCCCTCCACAAAAAATACCTAATTTAACTGTCAATATATTAAAATTAAAAATCATAAAATATCACAAACATAACAAAGAGAGGAAAGCCAATATCCATCCACACAGAACACAAGATTTCATTTCACAGAAAAGAAAAGGAAAGGGAAAAAAAAACAGTAACATTGATGATTTCCCCTTTCATCCAAAACCATTCTTAACCCAAAAATCATTTTATGTTGCAAATTCCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024635
ATGGTTACAGTTGGCACAAGCACAGGATTTGGAGTAGGTGGAGTTTCACTCCATCCCTCCACCTCCAACCCCCTCTCCTCATTTCTGGGCAAAAAGCTCAATTTCAAATCCCTAACTGAATCAACTGCCCACAAGAAATTATGCTCACCCAAGTCCAAGAATCTCGCAGTTGTTGCAGCGGGAGGTGAAATTTTCAATTTTGTTCACGATCTGTTTGTTGGAGTTGGGGTTGGACTGCCCTGCACAGTTATGGAGTGTGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810124.1
MVTVGTSTGFGVGGVSLHPSTSNPLSSFLGKKLNFKSLTESTAHKKLCSPKSKNLAVVAAGGEIFNFVHDLFVGVGVGLPCTVMECGDMIYRSTLPKSNGISPTIPGVILALGTISYLWATPGVAPGFFDMFVLAFVERLFRPTYKKDDIVLGKKLGGGAFGVVYRGSLTKKPPSKDGEIVVKKATEYGAVEIWMNERVRRACANSCADFMYGFLENSAKKGAEYWLIWKFEGESTLADLIQSKEFPYNVEALILEKVQD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器