Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003285`

染色体: Chr05 坐标: 42948304-42949756 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003285`
名称	SmilChr05G003285
描述	AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	42948304 - 42949756 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024640`
GeneID	`131024640`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024640`
原始查询	`SmilChr05G003285`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1-like
产物	AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1-like
Arabidopsis	`AT1G25560` (TEM1) AP2/B3 transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839143] identity=61.9; qcov=1.15; evalue=1.12e-145; confidence=high
Rice	`Os01g0693400` (AP2/EREBP#127) - identity=64.1; qcov=0.881; evalue=4.92e-118; confidence=high
GO	GO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG	-
Pfam	PF00847 (AP2); PF02362 (B3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024640

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057810127.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810127.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057810127.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057810127.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057810127.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:42948633`	`CT`	`*`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B122
`Chr5:42948898`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B83,C15,C52,C84
`Chr5:42948976`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B49
`Chr5:42949011`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B104,C20
`Chr5:42949015`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C12,D3,D6
`Chr5:42949134`	`A`	`AGT`	2bp_insertion	frameshift_variant	16	A4,B103,B119,B53,B54,B6,B78,B91,C36,C44,C49,C63,C68,C78,C83,D8
`Chr5:42949136`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	16	A4,B103,B119,B53,B54,B6,B78,B91,C36,C44,C49,C63,C68,C78,C83,D8
`Chr5:42949158`	`A`	`AAT`	2bp_insertion	frameshift_variant	12	B103,B53,B54,B6,B78,B91,C36,C44,C49,C63,C68,D8
`Chr5:42949376`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B42,B43
`Chr5:42949376`	`AAT`	`A`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B42,B43
`Chr5:42949486`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810127.1

319 aa

160

319

AP2

PF00847 AP2 46-94 aa PF02362 B3 166-265 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810127.1`	Pfam	`PF00847`	AP2	Domain	46	94	1.2e-08	35.8	AP2 domain
`XP_057810127.1`	Pfam	`PF02362`	B3	Domain	166	265	2.5e-27	95.5	B3 DNA binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954144.1
CACTTGCTCTACCACGGTCCACCCTCATGTGAATCCCGACTACTTGTAATCCCTTCTCTATACTACATGAATCTTCCTACTTCCTCACCATCTCTGGGGTTGACCCACACCTCCTTATATTTTTCTATCCAACTACAACATTATTTTATTTCCACACACGCCTGCCCCTTGTATATATATTCCACAATCCACACTACAAACACATTCAACACCTCACTTCATCTCCTATTTCTCTCTCTCTCTAACTCCAACAATCCACA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024640
ATGGACGGAAGCTCCGTCGACGACAGCACCACCACCGATACCCTTTCAATGACGCTCGCCTCTCCCTCTCCCTCTCCCCCGGCCAAGTCGCCTGAGCTCGACGGCGTCGAGGCGGAGTCGCGGAAGCTCCCCTCCTCCAGATTCAAAGGAGTGGTGCCTCAGCCCAACGGCCGCTGGGGGGCTCAAATCTACGAGAAGCACCAGCGCGTCTGGCTCGGCACCTTCAACGAGGAGGACGAGGCCGCCCGCGCCTACGACAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810127.1
MDGSSVDDSTTTDTLSMTLASPSPSPPAKSPELDGVEAESRKLPSSRFKGVVPQPNGRWGAQIYEKHQRVWLGTFNEEDEAARAYDTAAQRFRGRDAVTNFKPLSDDEAEAAFLSSHSKAEIVDMLRKHTYADELEQSRRSYGAGGSRTAERDGERAAAKAREQLFEKAVTPSDVGKLNRLVIPKQHAEKHFPLQSGNSSKGVLLNFEDAKGKVWRFRYSYWNSSQSYVLTKGWSRFVKEKDLRAGDIVSFQRSTGPDKQ...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器