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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003309`

染色体: Chr05 坐标: 43349680-43350075 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003309`
名称	SmilChr05G003309
描述	uncharacterized SmilChr05G003309
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	43349680 - 43350075 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025962`
GeneID	`131025962`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025962`
原始查询	`SmilChr05G003309`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025962

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811725.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057811725.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811725.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811725.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811725.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:43349704`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B52,B99,C87
`Chr5:43349733`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	38	A11,A20,A3,A7,A8,B1,B101,B103,B110,B115,B122,B137,B140,B20,B29,B32,B63,B65,B86,B94,B97,B99,C11,C13,C15,C28,C39,C46,C53,C59,C64,C65,C66,C75,C82,C84,C86,D11
`Chr5:43349735`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:43349758`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	A20
`Chr5:43349758`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	A20
`Chr5:43349837`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr5:43349845`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B38,B39,B69,B80,B9
`Chr5:43349896`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B51,B99
`Chr5:43349917`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B113,B51,B99
`Chr5:43349961`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:43349992`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr5:43350008`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B127,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811725.1

131 aa

131

RVT_3

PF13456 RVT_3 7-115 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811725.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	7	115	7.1e-14	52.5	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955742.1
ATGGGCGCTCCGAGCCTAATTGCTGCTGGTAGTGTGATCTTTCGGGATGAATGGGCGTGGGTTCGTGGATGTTTTCATACTCAAGGGGGTATTGGTTTTGCCTTTGAAGCAAAGTTGTTGGTCATTATCACTGCTATCAACATTGCTCACGACCGTGGTTGGCTCCATCTTTGGGTTGAAGCGGATTCTATTTACGTGGTTAGGTTACTGGAGACTCGGTCCACTCATTTTCCTTGGCGTTTTATTGCGTCTTGGAATCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025962
ATGGGCGCTCCGAGCCTAATTGCTGCTGGTAGTGTGATCTTTCGGGATGAATGGGCGTGGGTTCGTGGATGTTTTCATACTCAAGGGGGTATTGGTTTTGCCTTTGAAGCAAAGTTGTTGGTCATTATCACTGCTATCAACATTGCTCACGACCGTGGTTGGCTCCATCTTTGGGTTGAAGCGGATTCTATTTACGTGGTTAGGTTACTGGAGACTCGGTCCACTCATTTTCCTTGGCGTTTTATTGCGTCTTGGAATCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811725.1
MGAPSLIAAGSVIFRDEWAWVRGCFHTQGGIGFAFEAKLLVIITAINIAHDRGWLHLWVEADSIYVVRLLETRSTHFPWRFIASWNHGLRLLQDFHLMVTHIYREGNKPADIMANGERQEGWWPFAIEDIK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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