Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003313`

染色体: Chr05 坐标: 43387840-43388516 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003313`
名称	SmilChr05G003313
描述	xyloglucan O-acetyltransferase 3-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	43387840 - 43388516 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025963`
GeneID	`131025963`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025963`
原始查询	`SmilChr05G003313`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	xyloglucan O-acetyltransferase 3-like
产物	xyloglucan O-acetyltransferase 3-like
Arabidopsis	`AT3G28150` (TBL22) TRICHOME BIREFRINGENCE-LIKE 22 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822439] identity=36.3; qcov=0.825; evalue=1.48e-26; confidence=medium
Rice	`Os06g0234300` - identity=47.1; qcov=0.695; evalue=9.26e-32; confidence=medium
GO	GO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016413 (O-acetyltransferase activity)
KEGG	-
Pfam	PF13839 (PC-Esterase)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025963

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Secreted	分泌到胞外	1.00000	`XP_057811726.1`
2	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811726.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811726.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811726.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811726.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:43388022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	3	B139,C4,C76
`Chr5:43388022`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B139,C4,C76
`Chr5:43388037`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B132,B33,B43
`Chr5:43388059`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B11,B114,B73,C84
`Chr5:43388068`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B122,B38,B69,B80
`Chr5:43388069`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr5:43388101`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	39	A1,A16,A24,A25,A5,B113,B126,B127,B128,B130,B132,B29,B31,B33,B43,B49,B5,B51,B52,B57,B7,B74,B83,B90,C1,C11,C19,C24,C32,C44,C47,C51,C65,C68,C69,C7,C79,C80,D2
`Chr5:43388103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A7,B64,C59
`Chr5:43388116`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B69,B9
`Chr5:43388127`	`TC`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	29	A7,A9,B103,B114,B123,B124,B127,B132,B14,B27,B30,B66,B72,B78,B79,C12,C13,C20,C21,C30,C45,C47,C50,C51,C57,C59,C70,C77,D9
`Chr5:43388161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	5	B22,B30,B31,C23,C79
`Chr5:43388161`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B22,B30,B31,C23,C79

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811726.1

177 aa

177

PC-Esterase

PF13839 PC-Esterase 5-129 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811726.1`	Pfam	`PF13839`	PC-Esterase	Family	5	129	1.9e-23	84.6	GDSL/SGNH-like Acyl-Esterase family found in Pmr5 and Cas1p

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955743.1
ATGTTGAAAAAAGGAGTTGCACTAACCGTATTCTGGTCGCAGTTCCTCTTCGCTGCCACCGAGCTCATAGTCAACGGCACCGCTACGGGCAATTTCGACTTGCACCTCGACAGAGCCGACCCCCGGTGGACAGCGGAGCTGCCTTCCATCGACTACGCTGTCTTCTCGGGCGGCCCCTGGTTCGTCCGGAAGAACTACCTGTATGAGGACGGCAACCTCATCGGGTGCATCTACTGCCGCAAGCCCAAGGTAACGGACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025963
ATGTTGAAAAAAGGAGTTGCACTAACCGTATTCTGGTCGCAGTTCCTCTTCGCTGCCACCGAGCTCATAGTCAACGGCACCGCTACGGGCAATTTCGACTTGCACCTCGACAGAGCCGACCCCCGGTGGACAGCGGAGCTGCCTTCCATCGACTACGCTGTCTTCTCGGGCGGCCCCTGGTTCGTCCGGAAGAACTACCTGTATGAGGACGGCAACCTCATCGGGTGCATCTACTGCCGCAAGCCCAAGGTAACGGACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811726.1
MLKKGVALTVFWSQFLFAATELIVNGTATGNFDLHLDRADPRWTAELPSIDYAVFSGGPWFVRKNYLYEDGNLIGCIYCRKPKVTDFGPGRAIRRAFRAVLRAVNECGDCKKIVSFVRTYSPSHFENGSGTPRAGATGPDPLGGTRWTRPGPSGSTGGFKWKRRRRQGMVALGMCLK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器