Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003317`

染色体: Chr05 坐标: 43437991-43444921 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003317`
名称	SmilChr05G003317
描述	ribosome biogenesis ATPase RIX7-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	43437991 - 43444921 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024666`
GeneID	`131024666`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024666`
原始查询	`SmilChr05G003317`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	ribosome biogenesis ATPase RIX7-like
产物	ribosome biogenesis ATPase RIX7-like
Arabidopsis	`AT1G64110` (DAA1) P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolases superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842716] identity=68.7; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os01g0226400` - identity=65.2; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005524 (ATP binding); GO:0005741 (mitochondrial outer membrane); GO:0016887 (ATP hydrolysis activity)
KEGG	-
Pfam	PF00004 (AAA); PF17862 (AAA_lid_3); PF24933 (DUF7751)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024666

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	0.60000	`XP_057810158.1`
2	Peroxisome	过氧化物酶体	0.60000	`XP_057810158.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057810158.1`
4	Mitochondrion outer membrane	线粒体外膜	0.20000	`XP_057810158.1`
5	Peroxisome membrane	过氧化物酶体膜	0.20000	`XP_057810158.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:43438942`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr5:43439102`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:43439103`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B31
`Chr5:43439165`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:43439198`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:43440340`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:43440549`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B134,B138,C3,C8
`Chr5:43443543`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810158.1

814 aa

407

814

DUF7751

AAA

AAA_lid_3

PF24933 DUF7751 368-428 aa PF00004 AAA 546-676 aa PF17862 AAA_lid_3 699-739 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810158.1`	Pfam	`PF24933`	DUF7751	Domain	368	428	1.1e-32	113.0	Domain of unknown function (DUF7751)
`XP_057810158.1`	Pfam	`PF00004`	AAA	Domain	546	676	2.3e-41	142.0	ATPase family associated with various cellular activities (AAA)
`XP_057810158.1`	Pfam	`PF17862`	AAA_lid_3	Domain	699	739	3.7e-13	49.5	AAA+ lid domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954175.1
TGCGCCTCTCTTTTAAATTCGTATAAAAGGGCGCCTGCTAAAACGGGAATAACCGCTTCAATTATGAACCTGCGCAAACCAAAAACCAACTCCCTTCCTATGCAGAAAACCATTGCATCTGCAGCGTTTCAATTGGGGAATTCATTCCTTCCAGAGTTGATCAAGTTATTGTAAGAAACTATATACAATCCGCAGAAGAAAAAAAGCTTTTCGTGGCGAAGTGCGTAATTTGTGTTGTGGAAAATGGAATCGAAGCATAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024666
ATGGAATCGAAGCATATGATGATGTCCGCATTGGGTGTGGGCATAGGAGTCGGAGTAGGGCTTGGATTGGCGTCGGGTACGCAAGCAGTTGGCAAATGGGCCGGTGGCGGTGCCGATGCGAACGGCTTGTCGCCGCTGATCATGGAGGAGGAGATGATAGCGCTCATCGGCAACGGAAGGGATTACAATGTCACCTTCGATCAATTCCCCTACTATCTAAGTGAACAAACAAAGGCCTTGTTAACAAGTGCTGCTTTTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810158.1
MESKHMMMSALGVGIGVGVGLGLASGTQAVGKWAGGGADANGLSPLIMEEEMIALIGNGRDYNVTFDQFPYYLSEQTKALLTSAAFVHLKKAHFSKHTRNLSPASRAILLSGTTEMYHQMLAKALAHFFEAKLLLLDANDFSLKIQSKYGCSSEASFKRSTSEATLSRMSELFGSFAMLQPREERRGLSRQSSGVNLSSYGQEGPSPARLRRNASASANLNNLALNTLGNSAPPKRAVGWCFNEKLFIQTLYKVLTKVSN...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器