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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003325

染色体: Chr05 坐标: 43584160-43584924 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003325
名称SmilChr05G003325
描述uncharacterized SmilChr05G003325
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向43584160 - 43584924 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025966
GeneID131025966
locus_tag-
NCBI NameLOC131025966
原始查询SmilChr05G003325

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025966

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057811728.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811728.1
3 Secreted 分泌到胞外 0.20000 XP_057811728.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811728.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811728.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:43584215 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr5:43584249 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:43584284 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C32,C68
Chr5:43584298 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C60
Chr5:43584338 G GCA 2bp_insertion frameshift_variant 8 A14,B140,B58,C15,C43,C45,C67,D4
Chr5:43584354 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B10
Chr5:43584374 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44
Chr5:43584398 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:43584424 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B22,B8,C45,C79
Chr5:43584453 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A7,B24
Chr5:43584702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr5:43584736 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B58,C67

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955745.1
ATGACGACGAATCAACATCGAATGAACGGAGGTTGGAGAGGTGGGAGGTGGCGGGCGCCGAGGGCACGGAGGGCTGCGCACTACGCGAGCCCCGTGCGCCACGGCGCGCGCATAAACTCCCGGGCTGGATGGCTGCTGGTGGACCGGGGGCAGACGAGGCCGCTGCTGCGTGCGCCGATGAGGGCTGCGCGTGCGTGTGTGCTTGCGCACCGTGCGCTGTGCGCCCGGGCAGGCGCCATGCAGCTGCTGCTGCTCTCGGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025966
ATGACGACGAATCAACATCGAATGAACGGAGGTTGGAGAGGTGGGAGGTGGCGGGCGCCGAGGGCACGGAGGGCTGCGCACTACGCGAGCCCCGTGCGCCACGGCGCGCGCATAAACTCCCGGGCTGGATGGCTGCTGGTGGACCGGGGGCAGACGAGGCCGCTGCTGCGTGCGCCGATGAGGGCTGCGCGTGCGTGTGTGCTTGCGCACCGTGCGCTGTGCGCCCGGGCAGGCGCCATGCAGCTGCTGCTGCTCTCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811728.1
MTTNQHRMNGGWRGGRWRAPRARRAAHYASPVRHGARINSRAGWLLVDRGQTRPLLRAPMRAARACVLAHRALCARAGAMQLLLLSVLGSAEEAWLLESGGGVRAVRADEAWLLESGGGVRAVRTGEARARVLARCVLRTQRCTAWPFARCRRAAAVPRLLLAVPTLLEPRATASGCCCRAEVAAAACAGDCRCCAAVAGRRGCCCCAPDATPRLLPLSCPCRAAAAAHAGSCCGGAVQRVSRKVAAAARVSKP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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