当前解析结果
SmilChr05G003329| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003329 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003329 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003329 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 43685816 - 43687626 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131025967 |
|---|---|
| GeneID | 131025967 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025967 |
| 原始查询 | SmilChr05G003329 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=25; qcov=0.372; evalue=2.85e-08; confidence=low |
| GO | GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00075 (RNase_H); PF13456 (RVT_3); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025967 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057811730.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057811730.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057811730.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811730.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811730.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:43685854 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C10,C22 |
Chr5:43685857 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C10,C22 |
Chr5:43685869 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C10,C22 |
Chr5:43685930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | B103,B104 |
Chr5:43685930 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B103,B104 |
Chr5:43685938 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B38,D11 |
Chr5:43685940 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 113 | A10,A15,A18,A19,A20,A24,A25,A3,A5,A6,A9,B1,B102,B103,B107,B111,B113,B114,B117,B118,B120,B127,B128,B132,B133,B134,B135,B139,B16,B18,B19,B20,B22,B27,B29,B30,B33,B35,B40,B42,B43,B44,B45,B48,B5,B55,B60,B61,B64,B65,B67,B70,B71,B73,B77,B79,B82,B84,B85,B86,B87,B9,B91,B93,B94,B98,C1,C11,C13,C14,C15,C16,C19,C2,C21,C24,C25,C26,C30,C32,C34,C38,C39,C4,C40,C45,C48,C49,C5,C50,C51,C53,C55,C58,C61,C62,C68,C69,C7,C74,C75,C76,C78,C79,C80,C81,C82,C84,C85,C9,D3,D8,D9 |
Chr5:43685953 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B122,C42 |
Chr5:43685967 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B28 |
Chr5:43686066 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B103,B104,B73,B99,C75 |
Chr5:43686097 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B58,B72 |
Chr5:43686098 |
A |
AT |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B104,B26 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811730.1PF00075
RNase_H 43-153 aa
PF13456
RVT_3 47-165 aa
PF17921
Integrase_H2C2 254-303 aa
PF31073
DUF8803 487-547 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811730.1 |
Pfam | PF00075 |
RNase_H | Domain | 43 | 153 | 2.6e-06 | 28.4 | RNase H |
XP_057811730.1 |
Pfam | PF13456 |
RVT_3 | Domain | 47 | 165 | 4e-14 | 53.3 | Reverse transcriptase-like |
XP_057811730.1 |
Pfam | PF17921 |
Integrase_H2C2 | Domain | 254 | 303 | 1.1e-11 | 45.4 | Integrase zinc binding domain |
XP_057811730.1 |
Pfam | PF31073 |
DUF8803 | Domain | 487 | 547 | 1.3e-21 | 76.9 | Domain of unknown function (DUF8803) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。