当前解析结果
SmilChr05G003332| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003332 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003332 |
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein POB1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 43708546 - 43710910 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131024678 |
|---|---|
| GeneID | 131024678 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131024678 |
| 原始查询 | SmilChr05G003332 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | BTB/POZ domain-containing protein POB1-like |
| 产物 | BTB/POZ domain-containing protein POB1-like |
| Arabidopsis | AT3G61600 (POB1)POZ/BTB containin G-protein 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825333] identity=78.1; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os06g0507400- identity=71.5; qcov=0.988; evalue=0; confidence=high |
| GO | GO:0005515 (protein binding); GO:0005634 (nucleus); GO:0010114 (response to red light) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00651 (BTB); PF07707 (BACK); PF21536 (BTB_KLHL33) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131024678 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057810174.1 |
| 2 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057810174.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.80000 | XP_057810174.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.40000 | XP_057810174.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057810174.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:43709195 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:43709211 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B135 |
Chr5:43710102 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C24,C3 |
Chr5:43710176 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057810174.1PF00651
BTB 9-97 aa
PF21536
BTB_KLHL33 28-92 aa
PF07707
BACK 122-215 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057810174.1 |
Pfam | PF00651 |
BTB | Domain | 9 | 97 | 3.8e-13 | 50.3 | BTB/POZ domain |
XP_057810174.1 |
Pfam | PF21536 |
BTB_KLHL33 | Domain | 28 | 92 | 7.6e-14 | 52.0 | Kelch-like protein 33-like, BTB/POZ domain |
XP_057810174.1 |
Pfam | PF07707 |
BACK | Domain | 122 | 215 | 8.1e-14 | 52.3 | BTB And C-terminal Kelch |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。