当前解析结果
SmilChr05G003341| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003341 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003341 |
| 描述 | putative dynamin-related protein 4A |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 43902086 - 43903016 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025971 |
|---|---|
| GeneID | 131025971 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025971 |
| 原始查询 | SmilChr05G003341 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | putative dynamin-related protein 4A |
| 产物 | putative dynamin-related protein 4A |
| Arabidopsis | AT1G60530 (DRP4A)Dynamin related protein 4A [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:842348] identity=68.4; qcov=0.858; evalue=3.39e-127; confidence=high |
| Rice | Os03g0260000- identity=67.5; qcov=0.855; evalue=1.01e-119; confidence=high |
| GO | GO:0003924 (GTPase activity); GO:0005525 (GTP binding); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0005874 (microtubule); GO:0008017 (microtubule binding); GO:0016020 (membrane) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF00350 (Dynamin_N) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025971 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057811734.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057811734.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811734.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811734.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811734.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:43902093 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | stop_gained | 2 | A3,B89 |
Chr5:43902093 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A3,B89 |
Chr5:43902112 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B114,C12,C15,C16,C42 |
Chr5:43902113 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A3,B89,C82 |
Chr5:43902129 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B114,C15 |
Chr5:43902135 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | B7,B80,C11,C69 |
Chr5:43902151 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B117,B46 |
Chr5:43902199 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A24,C12 |
Chr5:43902212 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B132,B139,B7,C53,C9 |
Chr5:43902221 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A6,B80 |
Chr5:43902231 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B10,B112,C76 |
Chr5:43902233 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B75 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811734.1PF00350
Dynamin_N 68-239 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811734.1 |
Pfam | PF00350 |
Dynamin_N | Domain | 68 | 239 | 3.8e-40 | 138.4 | Dynamin family |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。