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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003344

染色体: Chr05 坐标: 43991022-43992284 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003344
名称SmilChr05G003344
描述protein bfr2-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向43991022 - 43992284 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025972
GeneID131025972
locus_tag-
NCBI NameLOC131025972
原始查询SmilChr05G003344

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein bfr2-like
产物protein bfr2-like
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025972

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Chromosome 染色体 0.80000 XP_057811735.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057811735.1
3 Centromere 着丝粒 0.40000 XP_057811735.1
4 Acrosome Acrosome 0.20000 XP_057811735.1
5 Cytoskeleton 细胞骨架 0.20000 XP_057811735.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:43991047 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B136,B140
Chr5:43991047 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B136,B140
Chr5:43991165 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17
Chr5:43991206 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:43991439 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:43991460 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B22
Chr5:43991462 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B37,C38
Chr5:43991540 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B33,C75
Chr5:43991540 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C75
Chr5:43991550 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 20 A20,A4,A7,A8,B114,B118,B126,B19,B25,B53,B63,B73,C15,C33,C34,C54,C57,C70,C78,C84
Chr5:43991614 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 2 B117,B46
Chr5:43991614 TC T 1bp_deletion CDS_variant 2 B117,B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955752.1
ATGGACTCAAGAATCTCAAGGAGATCTGGCCCCACGAGCTTGTGGGATGACTTTTATGCTTTGGAGAAAATGCAAATTATGCAAGAGGCCGTGGATCAAGGAGAAACATCCACTCTCGCCCTTGCTGGTCACAATGTTACTGTGACTGAAGAAATTGAAGATGAGCAGCACACTGACAAAAATGTTGCATTAAAACAAAGAAATCTTCGGTTAAAAGGTGACACCAAAGATGCACAGCATTCAAAAACTGCTGCTGATGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025972
ATGGACTCAAGAATCTCAAGGAGATCTGGCCCCACGAGCTTGTGGGATGACTTTTATGCTTTGGAGAAAATGCAAATTATGCAAGAGGCCGTGGATCAAGGAGAAACATCCACTCTCGCCCTTGCTGGTCACAATGTTACTGTGACTGAAGAAATTGAAGATGAGCAGCACACTGACAAAAATGTTGCATTAAAACAAAGAAATCTTCGGTTAAAAGGTGACACCAAAGATGCACAGCATTCAAAAACTGCTGCTGATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811735.1
MDSRISRRSGPTSLWDDFYALEKMQIMQEAVDQGETSTLALAGHNVTVTEEIEDEQHTDKNVALKQRNLRLKGDTKDAQHSKTAADDNVTLVGTFNWFSEDTEETSEEEEDEVDDATEDEDIMEKTSTEDIDTRRNLIETNVPTVDMTTEDIPTETRKMIDADLPTKADLSKATPTNSTSTNDQPSSVEKHQGDKGSTETDQNPTKVSSSTSAATKEMPTTEGEFISSKATTPFKTTKKSYMEKLILAQQQHIKDFRRQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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