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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003347`

染色体: Chr05 坐标: 44057516-44058670 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003347`
名称	SmilChr05G003347
描述	uncharacterized SmilChr05G003347
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	44057516 - 44058670 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025974`
GeneID	`131025974`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025974`
原始查询	`SmilChr05G003347`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	Ta11-like non-LTR retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719410]; symbol=AT3G57587; hit=AT3G57587; species=arabidopsis; confidence=weak
产物	Ta11-like non-LTR retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719410]; symbol=AT3G57587; hit=AT3G57587; species=arabidopsis; confidence=weak
Arabidopsis	`AT3G57587` (AT3G57587) Ta11-like non-LTR retrotransposon [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:28719410] identity=22.9; qcov=0.763; evalue=1.19e-19; confidence=weak
Rice	`Os12g0156200` - identity=29.7; qcov=0.5; evalue=4.62e-19; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF14111 (DUF4283); PF14392 (zf-CCHC_4)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025974

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057811738.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057811738.1`
3	Nucleus	细胞核	0.40000	`XP_057811738.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811738.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811738.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:44057521`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	23	A20,A4,A7,A8,B114,B118,B12,B126,B19,B25,B53,B63,B67,B73,C15,C33,C34,C54,C57,C70,C73,C78,C84
`Chr5:44057536`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	A18
`Chr5:44057538`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C34
`Chr5:44057574`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:44057586`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C62,D2
`Chr5:44057593`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B122,C34
`Chr5:44057614`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr5:44057646`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B80
`Chr5:44057647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr5:44057661`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	C61,C62,D2
`Chr5:44057682`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	8	B3,B93,B98,C56,C66,C68,C83,D4
`Chr5:44057685`	`TA`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	8	B3,B93,B98,C56,C66,C68,C83,D4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811738.1

384 aa

192

384

DUF4283

zf-CCHC_4

PF14111 DUF4283 32-105 aa PF14392 zf-CCHC_4 172-217 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811738.1`	Pfam	`PF14111`	DUF4283	Domain	32	105	1.4e-17	63.9	Domain of unknown function (DUF4283)
`XP_057811738.1`	Pfam	`PF14392`	zf-CCHC_4	Domain	172	217	3.4e-17	62.5	Zinc knuckle

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955755.1
ATGGAGGATCAAATGGCCGGACTGAATATTGAGGGAGAGGATGATGAAATCTTTATTGACGATGAGGTTGCCGAAGAATCCTCGGTGTCGGTGGATCTTTGTCTGGTAGGGCGATTTATCACAGAGCAGCCTATTAACTTCACTCTGATGCGCAGTCGGATGGCTGGCGTTTGGAGACCGGGCAAAGGTGTTTTCATGAAAGATATCGGGCAGGGGAGATTCATCTTTCAATTTTTTCATGAAGTTGATTTAAAACGTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025974
ATGGAGGATCAAATGGCCGGACTGAATATTGAGGGAGAGGATGATGAAATCTTTATTGACGATGAGGTTGCCGAAGAATCCTCGGTGTCGGTGGATCTTTGTCTGGTAGGGCGATTTATCACAGAGCAGCCTATTAACTTCACTCTGATGCGCAGTCGGATGGCTGGCGTTTGGAGACCGGGCAAAGGTGTTTTCATGAAAGATATCGGGCAGGGGAGATTCATCTTTCAATTTTTTCATGAAGTTGATTTAAAACGTGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811738.1
MEDQMAGLNIEGEDDEIFIDDEVAEESSVSVDLCLVGRFITEQPINFTLMRSRMAGVWRPGKGVFMKDIGQGRFIFQFFHEVDLKRVYDGGPWAFGNFPLILHRLRRGEFPLTVPLDILPFWVQIHDLPAGYLTEGVGKLLGNFIGKFMEYDSTNSTGVWRQYMRVRVGVRVSEPLKHFKKLKNRDGSTFVVKFKYERLNIFCFLCGRLGHSESFCEMLFNPEAKDTERQWGVELKAADRKGVGLAGEKWIRTEDAGANP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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