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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003349

染色体: Chr05 坐标: 44201373-44201921 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003349
名称SmilChr05G003349
描述uncharacterized SmilChr05G003349
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向44201373 - 44201921 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025975
GeneID131025975
locus_tag-
NCBI NameLOC131025975
原始查询SmilChr05G003349

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF01107 (MP)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025975

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811739.1
2 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057811739.1
3 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.20000 XP_057811739.1
4 Autophagic vesicle Autophagic vesicle 0.20000 XP_057811739.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811739.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:44201402 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A16,B21
Chr5:44201452 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B1,B12,B2,B76,C73
Chr5:44201467 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:44201469 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 8 A15,A16,B132,B21,B79,C53,C68,C9
Chr5:44201480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A15,A16,B21
Chr5:44201504 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:44201516 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,C76
Chr5:44201519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B110,C60,C62,C82
Chr5:44201531 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C53,C9
Chr5:44201550 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B79,C68
Chr5:44201575 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:44201583 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811739.1
182 aa
N
1
91
182
MP
C
PF01107 MP 72-176 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057811739.1 Pfam PF01107 MP Family 72 176 1.7e-18 67.6 Viral movement protein (MP)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955756.1
ATGGATCATTCGGAGACGAGTCAGACTAAGGAGGACGGGGTTATCCACTTCCAAAAGGAAGATCAAGATGGATATACCAGCCATTCTCTGATCCCGCAGCAGAAGGTGGTGGAAAAACTCATGGATAAAATCAAGTACAAAACCATGGATATACAAACGTTCCAAGGGTTTTCAAGAGAAATATTGGATCAAGTTCTACAAAGCTTGAGTCCATTCAAAAGGAAGCATCATGTCTTCTTCGGCACAACGAGTCGGGAGTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025975
ATGGATCATTCGGAGACGAGTCAGACTAAGGAGGACGGGGTTATCCACTTCCAAAAGGAAGATCAAGATGGATATACCAGCCATTCTCTGATCCCGCAGCAGAAGGTGGTGGAAAAACTCATGGATAAAATCAAGTACAAAACCATGGATATACAAACGTTCCAAGGGTTTTCAAGAGAAATATTGGATCAAGTTCTACAAAGCTTGAGTCCATTCAAAAGGAAGCATCATGTCTTCTTCGGCACAACGAGTCGGGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811739.1
MDHSETSQTKEDGVIHFQKEDQDGYTSHSLIPQQKVVEKLMDKIKYKTMDIQTFQGFSREILDQVLQSLSPFKRKHHVFFGTTSRELELPIEMTNNQVEIQLIPAEDVQRDLSKMKLEVAKAMKWIHIGAIQLVIKSSLSPGTNTPIDIAICDKRITNSKDAVLGAFSGNLYAKKIVPTDRL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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