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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003364

染色体: Chr05 坐标: 44481446-44481772 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003364
名称SmilChr05G003364
描述uncharacterized SmilChr05G003364
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向44481446 - 44481772 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025981
GeneID131025981
locus_tag-
NCBI NameLOC131025981
原始查询SmilChr05G003364

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os03g0643050; species=rice; confidence=low
产物hit=Os03g0643050; species=rice; confidence=low
ArabidopsisAT5G35695 (AT5G35695)
nuclease HARBI1-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:833543]
identity=39.3; qcov=0.519; evalue=9.66e-08; confidence=low
RiceOs03g0643050
-
identity=37; qcov=1.1; evalue=7.78e-13; confidence=low
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025981

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811745.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057811745.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057811745.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811745.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811745.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:44481449 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B26
Chr5:44481487 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B106
Chr5:44481487 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B106
Chr5:44481497 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B138,C3,C8
Chr5:44481512 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B127,B131,B46,B53,D2
Chr5:44481552 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B21,B28
Chr5:44481634 TA T 1bp_deletion frameshift_variant 8 B105,B32,B9,C13,C30,C64,C73,D2
Chr5:44481673 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A5,B22,B45,B47,C49
Chr5:44481681 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:44481682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C30,C64
Chr5:44481711 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B134,B138,C3,C8
Chr5:44481711 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B138,C3,C8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955762.1
ATGCGCCACACGAAGGCTCAAAATGTCATTGAACGTGCCTTTGGTGTTATGAAGATGAGGTGGGGGATTTTGAGGAGCTCTACGTTTTATCCCGTGAAGGTTCAGAATCGACTTATTATGGCGTATTTTATATTGAATAATTTCATTAGAACAGAGATGGACGTGGATCCTATCGAACAAGCATTCGATAACCTACCACATGATACTGAGTTCAATGAACCGGAACACGGAGATTATGTGGATGCATTTGAGCTATCTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025981
ATGCGCCACACGAAGGCTCAAAATGTCATTGAACGTGCCTTTGGTGTTATGAAGATGAGGTGGGGGATTTTGAGGAGCTCTACGTTTTATCCCGTGAAGGTTCAGAATCGACTTATTATGGCGTATTTTATATTGAATAATTTCATTAGAACAGAGATGGACGTGGATCCTATCGAACAAGCATTCGATAACCTACCACATGATACTGAGTTCAATGAACCGGAACACGGAGATTATGTGGATGCATTTGAGCTATCTCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811745.1
MRHTKAQNVIERAFGVMKMRWGILRSSTFYPVKVQNRLIMAYFILNNFIRTEMDVDPIEQAFDNLPHDTEFNEPEHGDYVDAFELSPEWAANRDAIAQTMWQQYVAMH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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