Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003367`

染色体: Chr05 坐标: 44493274-44496685 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003367`
名称	SmilChr05G003367
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	44493274 - 44496685 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024700`
GeneID	`131024700`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024700`
原始查询	`SmilChr05G003367`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
产物	putative late blight resistance protein homolog R1C-3
Arabidopsis	`AT5G43470` (RPP8) Disease resistance protein (CC-NBS-LRR class) family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834367] identity=25.4; qcov=0.939; evalue=1.82e-39; confidence=low
Rice	`Os08g0424700` (P0456B03.103) - identity=26.4; qcov=0.832; evalue=1.99e-34; confidence=low
GO	GO:0043531 (ADP binding); GO:0098542 (defense response to other organism)
KEGG	-
Pfam	PF00931 (NB-ARC); PF23598 (LRR_14)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024700

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057810218.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.20000	`XP_057810218.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057810218.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057810218.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057810218.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:44493689`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	28	A3,A7,B11,B115,B120,B126,B16,B22,B23,B27,B29,B36,B71,B72,C22,C24,C27,C3,C4,C49,C55,C57,C66,C72,C76,C77,C81,D5
`Chr5:44493691`	`ATG`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	28	A3,A7,B11,B115,B120,B126,B16,B22,B23,B27,B29,B36,B71,B72,C22,C24,C27,C3,C4,C49,C55,C57,C66,C72,C76,C77,C81,D5
`Chr5:44493703`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	33	A3,A7,B109,B11,B115,B120,B126,B132,B16,B22,B23,B27,B29,B36,B54,B71,B72,C22,C24,C27,C3,C4,C49,C55,C57,C66,C72,C76,C77,C78,C81,D3,D5
`Chr5:44493715`	`TTG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	A7,B16,B36,C57,C81,D5
`Chr5:44493720`	`ACC`	`A`	2bp_deletion	frameshift_variant	8	A7,B132,B16,B36,B72,C57,C81,D5
`Chr5:44493726`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B102
`Chr5:44493763`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B38,B39
`Chr5:44493842`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C50,C73
`Chr5:44493845`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C50,C73
`Chr5:44493846`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B41,B69,B81,D1
`Chr5:44493850`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B43,B75,C28,C77
`Chr5:44493853`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B114,B93

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810218.1

892 aa

446

892

NB-ARC

LRR_14

PF00931 NB-ARC 192-348 aa PF23598 LRR_14 559-851 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057810218.1`	Pfam	`PF00931`	NB-ARC	Domain	192	348	1.7e-28	100.0	NB-ARC domain
`XP_057810218.1`	Pfam	`PF23598`	LRR_14	Repeat	559	851	3.8e-18	66.1	Leucine-rich repeat region

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954235.1
TCAATCTTCATAATTAATCTTCCGTTGCTTTGTTTGTCGCTCCGCTCCTATAATTATTCTTCCACACGTTAATCCGCCTTCAAAATCATCAATACATCCATTTTACCATCGTATCAAAATCATTTACTAAAATTCTTGAATGTTTCTGAAATTGTATCAAAACCAGCTGCCGCCGCCGCCGCCGTTGACTTGTGCCAACTCCTCCACGAGAGGCGATTTCTACCACACAGTTTTGGAAGAAAATTTCTGAGCTAAGTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024700
ATGGCGGCTTATGGTGCGGCGGATTCTCTCAAGAATACGATTGAGCGTATTCTACAATCGTCTCGCATTTCTCTCGTTTCCCACTCTCCACAAATAGTACTCTCAGCGACTTTTCTCAAGAATACGATTCAGTGTATTCTACAATTGTTTTGCATTTCCCCCTCTTCACAGATCTTACTACCTGCCTACGACGAGGTGGATCGCTTGCAGAATGTTCTGCTAAAATTGGACGACACCAGCTGCAGCAAGATCAGGACGAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057810218.1
MAAYGAADSLKNTIERILQSSRISLVSHSPQIVLSATFLKNTIQCILQLFCISPSSQILLPAYDEVDRLQNVLLKLDDTSCSKIRTKVNAADELIKEAIWEFEDLVESHILPQILPQLDSKRGSLSFSVELQSLQHHVDCFVEKMKKMEEEYTNEMENMPEEEGEPISSRIDFGGINSKMVGLSDEFQKARDDLLEDKNYSIIGMAGVGKTTLAKHIFEDPSIRSHFELRAWVKVGRKCESNELLRCILAQVDPNAYQML...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器