当前解析结果
SmilChr05G003379| 统一新 Gene ID | SmilChr05G003379 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G003379 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G003379 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 44710692 - 44711372 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131025985 |
|---|---|
| GeneID | 131025985 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131025985 |
| 原始查询 | SmilChr05G003379 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| 产物 | hit=Os04g0191000; species=rice; confidence=low |
| Arabidopsis | -- |
| Rice | Os04g0191000- identity=27; qcov=1; evalue=1.21e-18; confidence=low |
| GO | GO:0004190 (aspartic-type endopeptidase activity); GO:0006508 (proteolysis) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF08284 (RVP_2); PF09668 (Asp_protease); PF13650 (Asp_protease_2); PF13975 (gag-asp_proteas); PF30863 (PRO_PEG10-RTL1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131025985 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057811749.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057811749.1 |
| 3 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057811749.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057811749.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057811749.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:44710703 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C44 |
Chr5:44710751 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,B33 |
Chr5:44710756 |
GC |
G |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B90 |
Chr5:44710756 |
GC |
G |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B90 |
Chr5:44710776 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | A2,B82,C28 |
Chr5:44710796 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C18,C2,C35 |
Chr5:44710841 |
CA |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | A25 |
Chr5:44710841 |
CA |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | A25 |
Chr5:44710843 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr5:44710853 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
Chr5:44710862 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A7,B21 |
Chr5:44710886 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B82 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057811749.1PF08284
RVP_2 2-109 aa
PF13650
Asp_protease_2 3-89 aa
PF09668
Asp_protease 3-95 aa
PF13975
gag-asp_proteas 6-92 aa
PF30863
PRO_PEG10-RTL1 11-108 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057811749.1 |
Pfam | PF08284 |
RVP_2 | Domain | 2 | 109 | 1.1e-22 | 81.0 | Retroviral aspartyl protease |
XP_057811749.1 |
Pfam | PF13650 |
Asp_protease_2 | Domain | 3 | 89 | 1.6e-10 | 42.3 | Aspartyl protease |
XP_057811749.1 |
Pfam | PF09668 |
Asp_protease | Domain | 3 | 95 | 4.2e-06 | 27.6 | Aspartyl protease |
XP_057811749.1 |
Pfam | PF13975 |
gag-asp_proteas | Domain | 6 | 92 | 4.7e-11 | 43.8 | gag-polyprotein putative aspartyl protease |
XP_057811749.1 |
Pfam | PF30863 |
PRO_PEG10-RTL1 | Domain | 11 | 108 | 1.1e-11 | 45.8 | PEG10/RTL1 protease domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。