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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003381

染色体: Chr05 坐标: 44785992-44789009 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003381
名称SmilChr05G003381
描述protein trichome birefringence-like 23
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向44785992 - 44789009 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131024824
GeneID131024824
locus_tag-
NCBI NameLOC131024824
原始查询SmilChr05G003381

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein trichome birefringence-like 23
产物protein trichome birefringence-like 23
ArabidopsisAT4G11090 (TBL23)
TRICHOME BIREFRINGENCE-LIKE 23 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:826710]
identity=52.9; qcov=0.984; evalue=4.13e-164; confidence=high
RiceOs06g0524400 (OsTBL49)
-
identity=55.6; qcov=0.809; evalue=6.64e-153; confidence=high
GOGO:0005794 (Golgi apparatus); GO:0016413 (O-acetyltransferase activity)
KEGG-
PfamPF13839 (PC-Esterase); PF14416 (PMR5N)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131024824

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 1.00000 XP_057810347.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057810347.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057810347.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057810347.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057810347.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:44787017 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:44787939 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B63
Chr5:44787939 CG C 1bp_deletion CDS_variant 1 B63
Chr5:44788016 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:44788042 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:44788071 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B120,B131,B27,C9
Chr5:44788148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:44788246 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A7,C62,C78
Chr5:44788262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B136,C33
Chr5:44788269 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B40,C11,C69,D10,D5
Chr5:44788271 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B130,B136,C33,D11
Chr5:44788285 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C78,D5

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057810347.1
434 aa
N
1
217
434
PMR5N
PC-Esterase
C
PF14416 PMR5N 86-138 aa PF13839 PC-Esterase 139-430 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057810347.1 Pfam PF14416 PMR5N Domain 86 138 4e-23 82.2 PMR5 N terminal Domain
XP_057810347.1 Pfam PF13839 PC-Esterase Family 139 430 2.9e-88 297.2 GDSL/SGNH-like Acyl-Esterase family found in Pmr5 and Cas1p

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057954364.1
GACCTCCAAAGCAGCTTAAAATATCCAAATTGTCCTTTAATGGGAAAAAATATGATTTTTAAGCTGATTTATCTCTAACAAAACAAAATTTTAGTTACGACATCATGTTTAAAGAATAGAATGTCTTTTCGACTTTCCCCGAGACGAATGTCTATAACCTCTCGGCAAAATAATAATAAAAAAGAAAAAGAAAAATATATTTATGCAGCGTCTGAAATCTAAGCTCAACACAGACTGAAAGAGTGAGCTCTAAATCATAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131024824
ATGGTGAACAAGGTACACTACAATTGGAAATCATGGTGGCGGGTTTTCAACAATCACAATTACTTTGTTATCAAATTTGGGGTTTCGATTCTTCTAGTGGCTCTTGCATTTAGACTCCTCTACAATAGATCCTTCGAATTCTCTCCAGCTTCAGACACCCCTTTTCTCCAAACTTCTCAGATTTCAGTGCCCCCTTCAGTTTCCGTCGATTCGGAACCAAGTACTGATCAGATTCCTCCACAAGATAGTGATGGAAAATG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057810347.1
MVNKVHYNWKSWWRVFNNHNYFVIKFGVSILLVALAFRLLYNRSFEFSPASDTPFLQTSQISVPPSVSVDSEPSTDQIPPQDSDGKCDLFYGDWIPDKSEPFYTNNTCEYIEKHQNCMKNGRPDRGYLYWRWKPRGCDLPRLDPWRFLDLMRNKSWALIGDSISRNHVQSLLCMLSVVEKADHVYHDESYKNRRWVFPSYNFSLSVLWSPFLAQAAIFEDMDGVATSEIELHLDKLDKNWTQHYNSLDHMILSSGKWFVK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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