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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G003394

染色体: Chr05 坐标: 44975342-44977063 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G003394
名称SmilChr05G003394
描述uncharacterized SmilChr05G003394
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向44975342 - 44977063 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025989
GeneID131025989
locus_tag-
NCBI NameLOC131025989
原始查询SmilChr05G003394

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025989

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811753.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811753.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811753.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811753.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811753.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:44975386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B135,C13,C78,C83
Chr5:44975421 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B59
Chr5:44975438 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B8,C33
Chr5:44975457 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A13,B8,C33
Chr5:44975480 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C16,C53,D5
Chr5:44975494 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A10
Chr5:44975505 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr5:44975524 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B136,B90,C73,C83
Chr5:44975529 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C33
Chr5:44975541 CG C 1bp_deletion frameshift_variant 19 A1,A18,A6,B30,B74,B96,B97,C20,C21,C24,C32,C41,C42,C55,C60,C68,C8,C82,D8
Chr5:44975570 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 16 A10,A7,A8,A9,B122,B27,B45,B72,B78,B82,C19,C24,C4,C51,C74,C9
Chr5:44975657 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B44

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955770.1
ATGGCTAGAGGAAGCAGTGACGGGCACAATGGTAGACGAGGGCGCGGTGATGGTAGAGGGCGATCATCCTCCTCAGGGGCATCATCACAGGCGTCTGATGGGGGCATTCGTGATTCAGTTGCCCAGATACAATTGGCTGGAGGTAGTGGATCCGCTCCGACATCATCAGAAGATACCGTGCCCAGCAGCCACTCGAGCACGGGTCGGATTATGTTGACCATTACACCTCAGGGTAAGATCTACCCATACGAGTACATGCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025989
ATGGCTAGAGGAAGCAGTGACGGGCACAATGGTAGACGAGGGCGCGGTGATGGTAGAGGGCGATCATCCTCCTCAGGGGCATCATCACAGGCGTCTGATGGGGGCATTCGTGATTCAGTTGCCCAGATACAATTGGCTGGAGGTAGTGGATCCGCTCCGACATCATCAGAAGATACCGTGCCCAGCAGCCACTCGAGCACGGGTCGGATTATGTTGACCATTACACCTCAGGGTAAGATCTACCCATACGAGTACATGCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811753.1
MARGSSDGHNGRRGRGDGRGRSSSSGASSQASDGGIRDSVAQIQLAGGSGSAPTSSEDTVPSSHSSTGRIMLTITPQGKIYPYEYMPKACTRIFRQVRNPNGFNWKATHDDVKNLYFMEFKKHFMWDDSIEQAVKLDFMKIVARRYKDFVYEIKMAKDDPKKGRPPFIHEREWPDWLSYWRSEAVVKKSETAKKCRMSEPEGPGTGQVKHK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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