Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G003405`

染色体: Chr05 坐标: 45141729-45143258 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G003405`
名称	SmilChr05G003405
描述	probable protein phosphatase 2C 8
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	45141729 - 45143258 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131024496`
GeneID	`131024496`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131024496`
原始查询	`SmilChr05G003405`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable protein phosphatase 2C 8
产物	probable protein phosphatase 2C 8
Arabidopsis	`AT2G29380` (HAI3) highly ABA-induced PP2C protein 3 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817487] identity=29.6; qcov=1.08; evalue=1.05e-27; confidence=low
Rice	`Os01g0656200` (OsPP2C08) - identity=33; qcov=1.13; evalue=9.38e-36; confidence=low
GO	GO:0004722 (protein serine/threonine phosphatase activity); GO:0005634 (nucleus); GO:0005829 (cytosol); GO:0006470 (protein dephosphorylation)
KEGG	smil04016 (MAPK signaling pathway - plant - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04075 (Plant hormone signal transduction - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00481 (PP2C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131024496

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057809985.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.80000	`XP_057809985.1`
3	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057809985.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057809985.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057809985.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:45142826`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B136,C33
`Chr5:45142921`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B136
`Chr5:45143009`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B125,B18,B6,C14,C63
`Chr5:45143020`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,B38,B39,B73
`Chr5:45143095`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B75
`Chr5:45143124`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:45143164`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B110,C62,C82

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057809985.1

266 aa

133

266

PP2C

PF00481 PP2C 186-258 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057809985.1`	Pfam	`PF00481`	PP2C	Family	186	258	7.3e-13	49.5	Protein phosphatase 2C

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057954002.1
AAGAGATACATGCCTCTCTCGCAAACAAAACAATAATGATTAAATCATTTAAAGCAAGCCATTCACATGCAACAGAAATGCGAAAGGGCTGCCGGAAAAGAGACGGAGAAGGGCCGTCGGAGAGCAGAAGCCGCCCCTTGAAATATGGATACGTCTCCATTCTGGGGCGGCGGAGAGTGATGGAGGATTCGGTGATAGTGATGCCGCCGCGGAGGTTACCCTGCGGCTACTCATTTTTCGCAGCTCACGGCTGCGGCGGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131024496
ATGATTAAATCATTTAAAGCAAGCCATTCACATGCAACAGAAATGCGAAAGGGCTGCCGGAAAAGAGACGGAGAAGGGCCGTCGGAGAGCAGAAGCCGCCCCTTGAAATATGGATACGTCTCCATTCTGGGGCGGCGGAGAGTGATGGAGGATTCGGTGATAGTGATGCCGCCGCGGAGGTTACCCTGCGGCTACTCATTTTTCGCAGCTCACGGCTGCGGCGGACCCAAGCTGGTGGAAACGTGCACCGACAAGCTGCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057809985.1
MIKSFKASHSHATEMRKGCRKRDGEGPSESRSRPLKYGYVSILGRRRVMEDSVIVMPPRRLPCGYSFFAAHGCGGPKLVETCTDKLHQCLEKRMAEAVEEEGLAWDKLVMDCFTSMYEDWGGLLKFTAVLDLPDKDEMLLVNCGGSRALLWTGGVALPLWTQADEADERVEALIMSDGECVRGSAPEVRVMRRNGDSFLIIANDGLWNVVEKHTACEVVRECLAGKIKSWPSEGGDGVSHAAAMLAELAIAKGSKDNITI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器